崇祯五年五月，大明京师，紫禁城中乾清宫，一位年约二十出头的年轻人身穿青色团龙服，伏在一张宽大的紫檀书案上，静静的批改着全国镇抚督道和科道言官的奏疏，他就是朱由检，大明第十六位皇帝，崇祯皇帝。
书案上奏疏已分书别类，重要的如军情急报可直接递上御前，立即处理，而不必走通政使；阁臣、朝臣，督抚奏疏优先，科道言官奏疏次之，地方官转呈的奏疏再次之。
崇祯眉头紧皱，朝中为原登莱巡抚孙元化（字初生）生死已分成两派，刚刚晋升为礼部尚书兼东阁大学士徐光启等人力保孙元化，力陈孙元化守辽之功和以炮术报效朝廷之用之才，认为罪不至死，上疏请求从轻发落，首辅周延儒也赞成免除死罪。
而另一方科道言官则力劾孙元化和山东巡抚余大成（字集生），祸乱地方，荼毒百姓，以御史路振飞（字见白）、兵科给事中李梦辰（字元居）、御史余应桂（字孟玉）为首的科道言官大力弹劾孙元化为山东祸乱之首，造成大半山东靡烂，损失惨重，理应斩首，不杀不能彰显国法。又劾首辅周延儒庇护孙元化之罪。
崇祯陷入沉思之中，按律公办，孙元化失职失责，驾驭手下无能，用人失察不当，辜负了自己和朝廷对他的信任，按律当斩。
然国法无情人有情，他面对阁臣和首辅的意见也考虑过，法有八议，议亲、议故、议贤、议能、议功、议贵、议勤、议宾；但是孙元化其功之著不能抵其罪，其才不能减其罪。
崇祯又拿起孙元化处置孔有德叛乱的前后过程奏疏，又仔细看了几遍，越看气越大，“这个孙元化也是在辽东带过兵、守过城的人，如此大意，为何不事先在孔有德叛乱后立即控制其故旧好友，反而信任其带兵守登州城，致使与贼相通，暗中勾连献城而至城破，使事态扩大恶化。”