乾隆五十二年（1787）。
乾隆帝鉴于常青延误战机，在六月二十日就决定由协办大学士，陕甘总督福康安前往台湾，替代常青，督办军务。
七月二十七日，乾隆帝谕令海兰察为参赞大臣，护军统领舒亮，普尔普为领队大臣，各带侍卫，章京等二十名前往台湾，征讨林爽文起义军。
八月初二，乾隆帝又降旨，授福康安为将军，调湖南，湖北，贵州等地，绿营兵各两千名，以及四川士兵两千名，增援台湾。
八月二十四日。
福康安上奏折写道：“臣尊旨在途拆阅常青等奏折，知南北两路官兵尚未得手，所称兵力不足，似属实在情形…
现虽有添调的浙澳官兵陆续配渡前往，但该兵丁等尚未出征，恐不能十分得力…
至于柴大纪，力捍孤城，坐困已及两月，常青虽派蔡攀龙带兵往援，而兵力不多，亦难即时进剿…
如于府城各营中，拨兵前往救援，而贼人狡计百出，见官兵全集诸罗，又恐乘虚滋搅府城。臣通盘筹划，所有前奉喻旨征调的各省官兵八千名，恳请皇上严饬各督抚速拨赴闽，听候调用。”
此刻，福康安已在漳泉等地，勒令本地官府，调出林爽文族谱，追查事情原因，等待官兵出发。
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到了九月初。
陆续有许多信件发往福州，转由梅花所，到达东沙岛，接而发往宜兰。
此时大量的消息汇集在一起，局势也非常明了。大清正在集结兵力，虽然谕旨增调为八千士兵，但实际来的只有五千人。
不过其他省府虽缺兵，可派了一些钱粮，让福康安在本地招兵买马，未登台之前，就已招募到两三千勇兵。
泉州漳州等地，水师战船多达一百多艘，几乎调用三省水师，几乎以全国之力。
此时，福建等地也开始戒严，特别是漳州泉州两地，大量的民工加紧修建船只，大量的各种粮食运往此处，汇集在一起，任福康安调动。