弘光元年的春天，李肇基过的非常充实，他掀起了商社改革的浪潮。
军队的改革被排列在了第一位，陆军部和海军部率先成立，杨彦迪和陈六子分别担任司令。但随即就是陆军的裁减和海军的扩充，东方旅的裁减一开始阻力非常大，但很快人们就见到了李肇基的决心。
虽然陆军在裁减，但并不意味着士兵们会失业，大量裁减下来的士兵转成了海军，还有一部分人加入了近卫部队，这是李肇基回到淡水之后建立的一支新的军队，最后一批人，不想留在商社，或者回乡，或者加入到了郑森麾下。
近卫部队的建立让所有反对改革的人都闭上了嘴巴。
一开始，陆军裁减而海军扩充的时候，军官们聒噪没有立功的海军压倒了立功的陆军，但当近卫部队建立，大家终于明白，这是李肇基在集中权力，抓紧兵权。
前者还可以看做是军种之争，陆军海军的军官们都乱说话，不说话的人，反而会被怀疑忠诚，但随着近卫部队建立，舆论风向改变，这个时候再说话，就是挑衅李肇基的权威，会被怀疑对商社的忠诚。
而且，随着改革的推进人们也渐渐发现，李肇基只是为了节省开支罢了，并不是有意打压什么人。
绝大部分的军官都得以留任，没有留任的要么是发现了重大错误，要么就是想要退役回乡。这是因为每个军官都是商社的重要人才，职位的数量远远大于军官的数量，不得已提拔了一些功勋老兵担任基层军官。
没有人的正当利益受损，相反，海军和陆军都变的正规化，制度化。
陆军和海军的学堂率先被建立起来，李肇基需要用学校培养更多的合格军官，而不是在军队里传帮带和训练老兵。加入学堂的有两种人，一种是刚刚从士兵岗位上提拔起来的老兵，他们需要进入学堂学习军官所需要的知识，而另外一种人则是功烈亲眷以及归附贵人。