秦始皇赢天害怕得来的长生不老药乃是假的，想要再得到一个，用另一个试药。
于是乎秦始皇又使燕人卢生求羡门、高誓等仙人踪迹，后来又使韩佟、侯公、石生求仙人不死之药。
对于秦始皇这种行为，也有儒生表示劝谏的，博士齐人淳于越建议始皇仍实行分封宗室子弟为诸侯的政策，始皇交给臣下讨论。丞相李斯反对。李斯的奏议促成了秦始皇帝下令焚书禁书, 规定史书非秦纪皆烧之；非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家《论》者，悉诣守、尉杂烧之；有敢偶语《诗》、《书》者，弃市；以古非今者，族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。准保存者，医药卜筮种树之书。若愿学法令, 则以吏为师。
始皇心里已感到受骗，于是命令御史案问诸生, 互相揭发牵连四百六十余人，始皇下令把他们都在咸阳活埋。秦始皇坑杀的乃是术士，并不是儒生。
秦始皇完成了统一中原的大业之后，经过一系列的准备，始皇帝二十九年（前218年），秦始皇命大将屠睢率50万大军，发动了南征百越的战争，这场战争是秦朝诸战中最艰难激烈一仗。
秦军共分五路，一路攻取东瓯和闽越，两路攻南越，其余两路攻西瓯。
《淮南子·人间训》记载了秦始皇南征百越的艰难历程：“使尉屠睢发卒五十万为五军……三年不解甲驰弩，使监禄无以转饷；又以卒凿渠而通粮道，以与越人战，杀西呕君译吁宋；而越人皆入丛薄中与禽兽处，莫肯为秦虏，相置桀骏以为将，而夜攻秦人，大破之, 杀尉屠雎，伏尸流血数十万，乃发适戍以备之。”
秦军兵分五路，经广西北部的越城岭、湖南南部的九嶷山以及江西南康和余干等地，向两广地区的越族进军。战争前后相持达三年之久。