就在牛满屯在和冰雪山路挣扎的时候，努尔哈赤已经决定跟明军接战了！努尔哈赤最后选择了萨尔浒作为主要战场。按照情报分析，杜松的军队会最先抵达萨尔浒。所以努尔哈赤决定先击败杜松，然后再决定下一步去打谁。
后世人很多人吹捧努尔哈赤是如何的天才！但是实际上就当时的情况来看，就是换任何一个普通人来指挥也能指挥出这个水平来。毕竟明军完全没有保密意识，又妄自尊大，自以为天兵一至就能摧枯拉朽；又有一个满脑袋天真思想的总指挥；还有一个和努尔哈赤勾结甚深的辽东李家，这场仗怎么打都不会赢的！
就在努尔哈赤盯上杜松的时候，杜松的也过了浑河，靠近萨尔浒了。过了萨尔浒之后，就是大片的平原地区了。往前不到百里。就是赫图阿拉的所在。杜松的军队就是要突破这里，直扑赫图阿拉这个后金的核心。其部参将龚念遂等因辎重营渡河困难，被遗留在大军之后，结果杜松军只能轻装渡河，留下大量火炮等重型火器。
杜松的军马到了河中间，努尔哈赤于浑河上游毁坝放水，明军被水淹死者甚多，锐气大挫。后杜松以全军之力攻打吉林崖。午时后，后金军已经到达界凡城南的扎喀关，二贝勒代善下令进军至毗邻界凡的铁背山。此时杜松已无法改变战略。为避免在渡河时被后金军阻击，于是杜松便令继续强攻打吉林崖，但是一直未能攻下。
努尔哈赤率军亦率军赶到，并认为申时已到天色渐晚，于是命左翼四旗兵先击萨尔浒之明军，破萨尔浒后，进攻吉林崖的明军自必动摇。后再加一旗的兵力，合共五旗三万七千骑兵，以绝对优势的兵力攻向萨尔浒明军大营。
萨尔浒大营由总兵王宣、赵梦璘等统率列阵而战，两阵靠近之后，后金军先用骑兵冲阵，靠近后又快速减缓速度，诱使明军的火器提前打放、弓箭乱射。再趁着明军装弹不易、弓兵手酸臂软的时候，反复用骑兵奔射打乱阵型。重复了几次之后，明军的阵型就动摇了。这时候就有一批步战士兵，多是被称为巴牙喇的，他们身披2层或者3层重甲，手持巨盾和重兵反复冲击明军阵线。