任何一个统一的中国政府都不可能容忍西北三马这样的军阀存在，何况是马家军这样起源于回民叛乱的地方宗教军阀。
然而对方并不领情，青马和宁马两个派系的军阀头头们都指望像清末一样，对“汉娃子”取得一次战场胜利，然后挟胜求和，保留自己的地盘、军队和对地方上的治权。
1942年7月，中国政府方面宣布撤销马步芳、马鸿逵等所谓青马、宁马军阀的一切职务，取缔马家军所拥有的编制。
随即，以人民解放军为主力组成的一路中军由彭德怀陆军上将指挥，进攻兰州。
7月21日拥有强大火力的人民解放军解放兰州，一举全歼青马主力3万余人，随即紧逼青马大本营西宁，8月5日青马军队残余主力宣布起义，人民解放军兵不血刃进入西宁。
马步芳本人在试图乘坐飞机逃亡时，被华军战斗机击落，粉身碎骨。
消灭宁马的任务则由新军负责。
7月23日，新军以坦克为先导，迅速突破宁马军队主要防线，进入宁夏境内。8月6日，宁马主力在青铜峡一带凭借地形优势与新军决战，但4个小时内其主力就被新军击溃，在这里中军投入了新成立的伞兵部队，破坏了宁马军阀掘提放水，组织新军前进的阴谋。
8月20日，新军消除了一切阻碍逼近银川，马鸿逵父子得知马步芳座机被击落的消息，不敢乘坐飞机逃亡，只能通过陆路辗转流亡中东。
随即，留在银川的宁马守军全面投降。
至此，西北马家军军阀全灭覆灭，但是中国军队的前进脚步并未因此停止。
彭德怀上将指挥的部队继续向前进入新疆省，新疆军阀盛世才不敢抵抗，只能宣布接受全面改编。
而新军方面则发起了收复西藏的进军行动，藏军试图抵抗，但在昌都战役中遭到毁灭性打击。
1942年10月份，西藏地方政府宣布接受中央改编。