对于这两个学生痴迷化学的态度，朱聿键是相当支持的。为了让他们真正热爱化学，今后向这条道路发展，朱聿键甚至决定带着他们进行化学实验。
为了不暴露朱聿键唐王长孙的身份，两人每次都是被蒙着眼睛进入私牢的实验室。就算是这样暴露的可能性依然很高，也很容易被府中下人察觉，所以朱聿键让张书堂找几个匠人，开始谋划从讲学的那个宅院挖掘一条直通牢房的地道。
朱聿键将学生带入私牢的做法的确很冒险，但事实证明这样的冒险非常值得。朱聿键将自己知道的那些最多只到高中的化学知识倾囊相授，并尽最大努力让他们参与到化学实验中，两人也非常机灵，很快就将烧杯、烧瓶、天平、滴定管等器械用得有模有样了。
没有各种化学试剂，进行化学实验非常困难，朱聿键就想办法自己制取化学试剂。硫酸和烧碱是最重要的化学试剂，可是在明末却没有地方去购买，为此朱聿键设计了一个密闭火炉，通过封闭焚烧黄铁矿石，将其中所含的硫变成二氧化硫，再用水吸收就得到了硫酸。
至于烧碱的制取也不算困难，将外面可以买到的土碱进行过滤精炼，然后将溶液与熟石灰混合。等到反应完成之后，过滤掉其中的残渣，就得到了烧碱溶液。
有了这种两种最至关重要的化学试剂，朱聿键得以慢慢制取其他所需的化学药剂，他的化学实验室越来越名副其实了。因为化学实验室的味道实在太浓烈，阿四害怕被发现，苦口婆心的劝了朱聿键几次，最终让他同意将实验室搬到了讲学的宅院中。
朱聿键在私牢里做实验，就是因为让田见秀每天待在牢里代替他，实在有些过意不去。后来田见秀告诉他，自己在私牢里并不会气闷，反而有时间练武打发时间，朱聿键这才放下心来，不过对于这个性情温和事事为他人着想的手下，他是越发满意了。