国朝的国子监沿用前明的地方，设在了鸡鸣山南麓。国子监的东部为文庙，西部为太学。文庙规模宏大，殿宇雄伟。主体为大成殿三间，两掖台高约一丈三，宽约丈余。东西斜廊各五间，露台高一丈，宽七丈，上有石栏杆，前有石阶。两庑东西分列，共计六十二间。前为大成门，东西列厢，各五间，两厢有路，东有神厨七间，西有神库七间，又有棂星门三座。各殿宇间栽种一百二十四棵杉、桂、桧、柏，显得崇宏肃穆。
到了国子监，贾环呈上书信。祭酒杨正亭看过书信，说道：“既是钱兄的弟子，又是道试案首，入监读书是自然。”顿了一下，说道：“先入内堂修道堂念书吧。”
太学主体有七堂，一正堂，六支堂。正堂又名彝伦堂，是会讲场所，中厅正位为御座，次列国子监祭酒、司业之座。堂前设一石晷，以提醒生徒珍惜光阴。彝伦堂东堂为宿斋所，西堂是考课所，博士恒居西堂，所以又称博士厅。东厢为祭酒所，共七间，连廊北向的南厢是司业所，共九间。西厢是监丞绳愆厅，其西南厢九间，用以储藏案卷监丞在此稽查公文。正堂往北为六支堂，依次为率性堂、修道堂、诚心堂正义堂、崇志堂、广业堂，是诸生学习的地方。每堂均为十五间，中间五间设师座，左右各五间设大凳。
率性堂、诚心堂、修道堂、崇志堂、正义堂、广业堂六个层级，六堂各有助教一人，前四堂并各有汉学正一人，后二堂各有汉学录一人，共十二人，分教入学之监生。在堂肄业学生，有内班、外班之分。内班每堂二十五名，六堂共一百五十名，都在国子监居住，外班每堂二十名，六堂共一百二十名，在外居住，每月赴监上课。内、外班均按其出身之不同，分别规定结业年限。
学生入监学习不分年龄，惟以入监时的考试成绩定高低，成绩差的进正义、崇志、广业三堂，为一年级，学期一年半。