锦衣卫的调查虽然清查了许多贪官，但也使得朝廷一时间处于了停滞的状态，底层官员整日惶惶不可终日，无心办公，致使国事停滞。
虽然有各地官员不断的被调任回京填补空白，以及皇家学院和科举举人的被不断任用，但这些中，许多并没有什么经验，还是使得朝廷处事效率小了许多。
六部尚书中的四部以及军机处大臣，都不断的上书祈求崇祯取消这次的清查行动，但却遭到了崇祯的驳斥，
这场清查一直持续到了七月份才结束，历时了两个月，京城内的官吏在这场清查活动中，有近一半的人被抓近牢狱。
不过崇祯也只斩杀了工部、兵部的官吏，对于其他四部被抓的官员，崇祯则按罪处置，对于一些罪不至死的官员，选择了罢官了事。
七月初，崇祯也意识到了这场清查活动应该结束了，随即下令由监察局进驻六部各衙门中，锦衣卫全部退出，不准在插手此事。
此举得到了朝廷许多人的欢呼，这两个月来，锦衣卫仿佛又回到了之前的风采，肆意的抓捕京城内的官员，京城内是人人自危。
同时，崇祯之所以停止了这次的行动，还有一点，那就是陕西、甘肃几地的灾情彻底爆发，同时浙江也遭遇了旱灾，浙江内的百姓人数要远远多于陕甘两地，也让抗击旱灾的困难程度增添了许多。
随后，崇祯急令从福建、江南、湖广几省调拨粮草向浙江救灾，随后又令户部尚书倪元璐亲自前往浙江操办此事。
只是，倪元璐到达浙江之后，发现浙江之内粮食并不短缺，但粮价却非常之高。
原因就是，周围几省的粮食早已经托运到了浙江，但各大粮商囤积居高，令受灾的百姓根本买不起粮食，且朝廷有明文，不允许私自买卖田地，这就让许多百姓更加难熬。
受到旱灾波及的一共涉及到浙江五府，分别是嘉兴府、湖州府、严州府、杭州府和绍兴府，五府竟连续二个月滴雨未下，致使土地干裂，农作物旱死。