贺长年叛乱过后，皇帝深知军屯之弊，当时就决定要撤消军屯，取消各屯田将军的编制，将田地授给一直在耕作的将士，将他们都变为编户齐民。
但是他并没有立即动手，因为时间段太敏感，刚反了贺长年，就要收拾其他的屯田将军，万一这些人被逼急了也跟着造反怎么办
皇帝在左冯翊时，安排了抚民营屯田，南城营在弘农屯田，当时是划作了几块，抚民营分成四大块，分属四个屯田都尉，南城营有两个屯田都尉。
皇帝初入长安时解散了赤眉军大营，有些将军和士卒不愿意归民，皇帝便临时设了六个屯田营，分别在上林苑和高陵等地屯田。后来逄安从陈仓回到长安，他手下的老卒又留了一个营在右扶风屯田，加上六个屯田都尉，除了边郡之外，大汉一共有十三个营从事军屯，归七个将军和六个都尉管理。
等到上林苑两营覆灭，屯田营就只剩下了十一个。这十一个屯田营是相对规模较大的，还有一些零星的小营，都可以忽略不计。
屯田营由屯田将军和屯田都尉管理，将军几乎一人说了算，自治度很高，都尉还要对抚民将军和南城将军负责，自治度稍差。屯田营自己养活自己，每年向朝廷上缴军粮，之后便没什么别的事儿了。
军屯在一开始的时候，为皇帝提供了军粮支撑，主要是抚民营和南城营下属的六个营，管理比较正规，也很卖力地耕作，在长安朝廷建立的初期发挥了大作用。抚民将军和南城将军也因此得到皇帝重用，六个屯田都尉得到赏赐，都被赐爵关内侯。
但是到了后期，屯田将军和都尉都有点偷奸耍滑了，渐渐开始为自己谋私利，而屯田所得不是交朝廷，就是交营里，个人没什么所得，士兵们的积极性也不高。反不如后期兴起的民屯，流民们可以自留五成到六成，有耕作积极性，在管理上也比较正规。