他回到长安后，先将傀儡皇帝李继玄身边的宦官都换了一通，继续任命徐宾为中书令、岑参为侍中，并且命令二人着手开始进行秋闱科考，选拔天下人才为用。
科举开始的同时武举也在紧锣密鼓的准备中，自武后开设武举以来，武举考试为大唐社稷选拔了许多优秀将领，其中最为出名的便是郭子仪。李嗣业决定在此基础上开设长安军事学院，与国子监地政治地位想等。他将选拔合格的武举投入学院之中，进行为期限为五年的军事学习，为军中培养能征善战的干才。
军事学院的山长，他决定请李光弼出山担任，学员们学习排兵布阵和军事理论，三年齐满后可在军中实习，等实习期满后可获得官职，一般为校尉和中郎将，之后再根据战功和表现擢升。
为了解决节度使权柄过大的问题，李嗣业开始着手进行军队的改制，改变二一制为三三制，军中基本单位为什、队、旅、团、营、都、军，一什的人数为十五，三什为一队，如此类推一军的人数为一万两千多人。节度使不再直接掌管军队，而开始负责地方管理，军使由朝中直接任命。
他将朝廷自上而下设立参谋体系，在中书省和门下省之外设立了参谋台，任命李光弼为参谋侍中，下属的参谋成员总共六七人。各边镇设立参谋部，治下的军使调动和地方军队将领提拔由参谋部决定，节度使不再参与军中的事务。
他把所有的规划通过皇帝的圣旨下达到地方各边镇，消息传出舆论一片哗然，雍王终于要对边镇下手了。河西北庭安西是他的旧有势力，对于雍王的决议自然是大力支持。河东节度使本来由河东内部将领控制，但经过一系列的运作之后，河东节度使已由阿史那·啜律担任，河东内部的高层将领也换了一批，对于这件事情也没有异议。