天命二年，朱训樘下达旨意。
六部外设置六科给事中，简称六科，掌侍从，规谏，补阙，拾遗，分查吏，户，礼，工，邢，兵六部之事，纠其弊端。
六科各设给事中一名，秩五品，由军机大臣担任。
军机大臣由皇帝亲自任命，所以可以说六科是皇帝钦点。
由于初设，并不过多参与朝政，只有审议的权利。
而后，朱训樘再次削弱兵部职权。
其中，参与粮草贩卖事件，与怀安候勾结的人，朝廷并没有彻查，但全部都被调离或平调，兵部只剩下了一个空壳子。
只有签约公文的职能！
军队的独立性再次加强，文官干涉军队的力量大幅度削弱。
朱训樘的掌控力也随之上升。
除此之外，一条消息更加引人注意。
朝廷宣布，卫所，司的将领升职的渠道只有两种，一是立下功劳，二，接受过大明皇家学校教育。
朱训樘开始有意识地启用新的将领，新的利益集团来代替腐朽，落后的功勋集团。
紧接着，有目的地划开军队。
三十年来，大明军队具有两项职能，一是当兵打仗，二是维护治安。
这么多年的快速发展，这套制度已经不再适合大明发展的需要。
各地军纪散漫，军队插手地方事务，导致地方军权掌握着成为了实际的地区首脑，严重破坏了大明的团结稳定。
一些大的功勋家族借助其手中的军队，不断发展壮大，已经严重危害了到了大明的根基。
中央与地方的分裂趋势渐显。
而且此次入关战争前夕，大批各地原禁军随军出征，各地的治安能力衣襟见肘。
怀安候事件拉开了大明军政分离改革的序幕。
而这件事情受到了文官势力的大力支持。
经过将近一个月的论证，唇枪舌战，朝廷终于通过了军政分离文书。