在内阁下设尚书处，负责收发来往奏疏。
在侍从室下设档案处，负责将所有朱批过的奏本重新誊抄分类归档。
随后朱厚照又下旨在宫中另设档案馆，用来存放誊抄过的奏疏。
在传统文化中，我们一直会比较注意保留这些前朝的文档，其中一个重要的作用就是用‘死后之名’来约束现任的皇帝。
因为皇帝已经是天下最大了，除了历史评价、后人评语，其实也没有太多的办法。
朱厚照认同这种做法。
而且在他看来，如果这些东西能够保留下去，也是一种重要的历史档案。
而历史，对于我们这个民族太重要了。
还原历史真相，从过往历史中汲取养料，这也是构成我们民族文化和民族性格的重要部分。
不过与之前不同的是，这些誊抄过的奏疏只是进行留档，并不是全部公开。
朱厚照会依据实际情况进行选择，需要进行公开的当然是明发邸报。
不合适的，则以密折形式再发给上奏的臣子即可，除了当事人和侍从室以外，其他人都不许看，封存在档案馆之中留待后世解密则可。
在运用密折制的时候，他已经告诫过臣子不得将与皇帝之间的秘密来往之事随意告知他人，这叫臣不密则失身。不过他还在挑一个合适的时机，找个人杀鸡儆猴，要他们知道自己这个皇帝在意这一点的。
这样整体看下来，其实是侍从室的地位会再次提高。
因为只有他们能够接触到每一份皇帝朱批过的奏本。
他们虽没有实际操作的经验，但是大量誊抄这些政务之后，对于他们个人有着极大的好处，这就相当于每天泡在‘武功秘籍’之中，
相比于接触不到这些内容的官员，侍从室自然优势明显。
这其实也是古代朝堂政治的演变逻辑，也是君权、相权在相互斗争中演化出来的。