嘉庆五年，阮元在杭州的成功也得到了朝中一致认可，即便是一向对阮元升迁过速不满的庆桂，也不得不暂时偃旗息鼓，承认阮元救灾海防之功。嘉庆也一直对阮元赞许有加，称阮元保举有功将士，从来以赏银为主，厚待士卒，但却绝不轻易保举官职，深得士众之心的同时，也没有乱了朝廷法度。每逢决案，亦必详慎，刑案文卷事由、证据清楚明白，绝无枉法怠惰之处。甚至有几次和纽祜禄氏独处之际，也不觉对她说起了这些。
“既然阮元做得好，那就多让他做几年浙江巡抚吧。”看着阮元确是个实干之臣，嘉庆一时间也对他再无疑虑。
可到了年终，阮元与抚院众人清点账目时，却依然愁容满面。
“也就是说，整个嘉庆五年，我们实际上一点亏空也补不上吗？”阮元问道。
“是这样的。”孙星衍道：“这一年来，能追赔的官员欠款，倒是追回了不少。可海防要用钱、赈灾要用钱，寻常开支又不见少，各县入账，我看只有富阳一个县能够足额征税，全省钱粮实征之数，只有应征额的六成。能保证不出现新的亏空，已是很不容易了。”孙星衍所言“应征”是清代官府固定的征税数额，所以即便“实征”钱粮达不到应征数额，也未必就会亏空，像这一年虽然实征数额只有应征的六成，却也基本维持了收支平衡。
“我也问过皇上，皇上的意思是，支援川楚的军费不算在开支之内，受灾各府县赋税也都已经蠲免了，即便如此，想要补上这个漏洞，还是这般困难啊？”阮元叹道。
“多亏了前线将士用命，今年后半年屡战屡捷啊。”孙星衍道：“听前线战报，说那最初传播白莲教的刘之协，前些日子已经落网了。此外今年冉天元、刘允恭、杨开甲各部均被剿灭，还有不少人投降了朝廷。川楚形势已然见好，敌人余部盘踞山岭，也有一段时间不敢和官军正面交战了。这样看来，若是来年战事有所缓和，说不定咱们浙江就不用调那么多银子去前线了。”他所言刘之协是最初在湖北传播白莲教的反清领袖，在民众中颇有号召力，这一年他被清将马慧裕俘杀，对于白莲教众而言是个不小的打击。而当战事进入嘉庆五年之末，白莲教众也渐渐无力支撑，只能分散川楚险要之处，继续做困兽之斗。