经过半年兴建，学海堂也已经出具规模，道光四年夏秋之际，学海堂几处正堂均已修建完毕，只剩下部分学舍、藏书之处还在继续营修。阮元这一日也来到新建成的学海堂正堂之内，与各人讨论学海堂创办事宜。
“这次咱们学海堂的藏书阁，你等无需再有顾虑，我自会捐出部分廉俸，帮你们修的更大一些。”阮元也向一旁的吴兰修、林伯桐等人说道：“我在杭州、淮安的时候，修建过灵隐书藏和焦山书藏，也为他们拟定了藏书章程。过些时候，我按照当时的章程，也帮学海堂拟定一份。学生不读书，便不足以知经史掌故，更不可能言而有据，所以这藏书之事最为根本，你等以后也要小心看护才是。”
“我等知道了。”吴兰修也向阮元拜道：“只是总制，我等兴学经费，却不知总制可有着落了啊？”
“我已定下两处经费来源，对于维持学海堂开支运转而言，应当是足够了。”阮元也向吴林等人说明道：“我先为你等备下两处经费，第一部分是番禺县八塘海心沙担二十三顷田地，及镇涌海心沙担二顷三十亩田地，这部分田地一年的田租有五百六十两，都留给学海堂作为维持开支之用。第二部分，我之前为了补贴学海堂工食，已出捐三百两，如今我再捐三千七百两，给你们凑够四千两银子，这四千两我们交给文澜书院，他们和商人有些联系，每年能收取些利息，咱们就把这利息也算进学海堂的账上，这样每年学海堂少说也有七八百两银子的收入，维持书院房舍、补贴工役，我看是足够了。还有，咱们也把文澜书院那边的膏火银之制留下来，学海堂每年考课四次，每次考评出来的优等学生，都发给膏火银一两。这样咱们的学生，也自然会积极进学，以有所成了。”
“总制创立书院恩德，我等难以为报啊！”吴兰修、林伯桐等人听着阮元商定经费一事，自知学海堂如果每年真的可以有八百两银子的岁入，自然可以维持有效运转，当即向阮元拜谢道。而林伯桐欣喜之余，却也考虑起学海堂授课之制来，向阮元问道：“阮总制，在下听闻总制在杭州创立诂经精舍之时，曾有专授课业之制，学生无论经史诗赋，能成一科者皆可肄业，甚至……在下听闻总制亦不限天算、地理之学，那么我们学海堂日后课程设置，可也是这样的办法？”