眼看阮常生在京城主稿办事，皆有能名，想来逐步升迁应该不难，虽说阮常生出身恩荫，功名与进士相比略有不足，但有清一朝，以恩荫入仕显名，终至疆臣枢辅之人亦多有实例，所以阮元对这个长子还是颇为放心。而这时的广州，阮元却也遇到了另一个难题。方东树经过数月准备，这日在督院幕中，正式开始了他对江藩的挑战。
“江郑堂，你且与我说清楚，你这《宋学渊源记》，是不是你有意贬抑宋学之言？”方东树率先发言道：“你这书中所载宋学诸人，就算在我等研习宋学同好之中，大多也是声名不著，国朝精于宋学的前辈，如李文贞公、熊文端公、汤文正公，俱有宋学著作流传，可你这书中，为何对他三人竟不予列传？”方东树所言三人，乃是清初康熙朝理学名家李光地、熊赐履和汤斌，三人各有专著，又是清初身居高位之重臣，是以方东树率先以其三人之事发问。
“植之，你且看我这汉学一书与宋学一书，其间所录之人，身份大体相同，不都是官位不足，潜心治学之人吗？你所言李文贞公、汤文正公诸人，本身在国朝便已经位列卿相，他们自然会有国史为之作传，又何须我多此一举呢？难道国史对他三人的评价，不比我这一册私史更加公允吗？所以植之，你以此三公之事诘难于我，有何意义啊？”江藩对此早有准备，当即向方东树反驳道。
“那我再问你，我同郡望溪先生，他为官仅至侍郎，以后国朝未必便有国史作传，海峰先生仅为副榜，惜抱先生只做过司官，他三人并非你所言卿相，正需要国朝精研宋学之人为之成传，可你这一书之中，对他三人又是全无一语。你书中钱大昕任官已至四品，高于惜抱先生，钱大昕尚有列传，为何惜抱先生之传，你竟全然不屑一顾？！”方东树依然不屈不挠，继续向江藩质问道。