这本小说从动笔到完结，前后用了两年多时间，而后修改又持续了一年，是这几年我倾注心力最多的一部作品。最初设想的书名是《高考纪事》，后来觉得太过普通，也不够科幻，便改成了现在这个——既暗示了外星文明所困的位置，同时也隐喻了人类的困境。
《火星孤儿》是我出版的第一本长篇小说。在此之前，我发表了一些中短篇小说，也出版了《完美末日》和《蜂巢》两本小说集，于是渐渐有了创作一本长篇小说的念头。小说的核心设定其实来自一个简单的想法：如果教材上的知识全是刻意编造的，世界会怎么样？学生会发现吗？我想，很可能不会有人质疑。在读研之前，我曾在一所中学教过两年高中物理。从我的教学体验来看，目前中学的科学教育仍然是以知识为导向的（直白一点说，就是以高考为导向），教师只是简单传授知识本身，并不关注知识的发现过程和科学精神的培养。因此，对于课本上罗列的科学结论，学生们都习惯于毫不怀疑地吸收，而不会去探究它的产生过程，更不会去质疑结论的合理性。但在我的理念中，培养学生的科学方法论和质疑精神，才是科学教育最根本的目的。博士毕业后，我开始从事独立的科研工作。通过观察我发现，当前基础科研领域的大部分研究者，包括我自己，都是在对别人的开创性成果做一些修修补补的工作，真正具有原创性的想法少之又少。这种状况或许和我们长期接受的科学教育有很大关系。
从这个简单的念头到完整的设定，到故事的构思，再到真正的写作，其间延宕日久，有一段时间几乎完全停止了写作。不仅是因为学业和科研两方面事务繁杂，也由于中途几度觉得小说行文干涩、情节枯燥，部分章节我甚至重写了好几遍。在整个创作过程中，我深刻地体会到长篇创作和中短篇创作的区别。跟短篇小说的一挥而就不同，长篇创作显然需要一个更强烈的驱动力和一种更持久的耐心。