镇江一战，林毅的明军大获全胜。水战和陆战共歼灭南军4万余人，被俘虏的军将包括施琅的叔叔施福在内近两万人。
所得的战利品堆积如山，粮草马匹，锣鼓，帐篷，刀矛器械，大炮炸药，残破的战船，等等应有尽有。
只清扫战场就用了将近半个月的时间，岸上掩埋尸体尚好，江中打捞残船和浮尸就是一项大工程，救治伤员的，修复战船的，明军忙得不亦乐乎。
这一战明军当然也有伤亡，岸上的伤亡微乎其微。可以忽略不计了，水师伤亡也不大，共有三艘舰船受了不同程度的损伤，有两艘桅杆被炸坏，简单修复一下，就可以投入使用。其中一艘被炸得解体了，这艘船就报废了。但是船的残骸打捞出来。
清点人马，连岸上的明军带水师舰队，镇江之战明军共伤亡了1000多人马，包括三艘战船。但却缴获了南军连残船在内100多艘，剩余的都是没有维修价值的报废船只。
林毅传令在庆祝胜利，为将士们记功的同时，不能忘记这些伤亡的将士们，一一登记在册，该抢救的抢救，该抚恤的抚恤，让地方官做好死难和伤残家眷的安抚工作，不能让英雄们流血再流泪。
近2万俘虏的改编问题也是件大事，需要一些时日。当然林毅对这些愿意投降的俘虏也是优待的，政策跟与李自成和张献忠等人交战的时候是一样的。不杀降，给他们一次机会，在这乱世各为其主，并非什么罪大恶极者，战败了得允许他们投降，尽量给他们一条生路，让他们改过自新。这一点根与鞑子作战不一样。
林毅长期坚持的这种优待俘虏的策略获得了广泛的人脉和极好的口碑。现在与郑芝龙的南军交战，这仍然是林毅优待俘虏的政策之一。
那些不愿意投降的，仍然是教育登记之后就地遣散，并且明确告诉他们，这样的机会不会有第2次。