安政六年（1859年）六月底的时候，咸亨洋行跑路，自嘉永三年（1850年）开始与幕府进行的密贸易由此中止。
因为之前毫无预兆，所以幕府中枢闻讯后异常震惊。
经过勘定所、长崎奉行所和目付所共同努力，在折腾了约一个半月后，这才发现此事早有征兆：
第一，咸亨洋行的人员早就开始撤离，但幕府居然迟钝地对此毫无警惕。
于嘉永七年（1854年）成立的对马水军传习所中，本来有八名西洋水军教授，都来自咸亨洋行。但安政四年（1857年），幕府在江户开办筑地军舰教授所，裁撤对马水军传习所，这八名洋人就离开扶桑了。
同时，本来韭山炼铁所还有一些西洋技工，也是咸亨洋行提供的，但后来也都走了，时间同样在安政四年。
至于经商的人员，因为咸亨洋行做的是密贸易，因此采购、销售都委托给长崎奉行所，只在对马岛有3个常驻人员。可这些人这次也以探亲的名义一起随商船溜了。
现在看，一个人都不留，当然是极其可疑。
可之前两边亲密无间、如胶如漆，谁能想到咸亨洋行突然撤走呢？对此，幕府严加惩处了监管的人员，可依然与事无补。
另一个征兆就是双方交易商品种类的变化。
本来，咸亨洋行在输入书籍、报刊、机械、军械之余，也会输入一些布匹和其它兰物。但自从安政二年（1855年）开始“以扶桑金易海外银”后，这些普通货物的份额就逐步降低。
按理说，交易额下降是贸易中断的明显征兆，可因为双方金银兑换的数目逐年增加，居然没有人注意到这一点——因为表面看贸易额是上升的。
其实，也不是没有人提前察觉危险。
小栗忠顺在长崎奉行任上时，鉴于咸亨洋行的重要性，他就曾向江户提出过多次建白：