铁穆耳上位之后，开始了他的统治。
元贞元年，公元1295年正月，铁穆耳下诏道家复行《金箓》《科范》。
他以云南行省左丞杨炎龙为中书左丞，封皇姑囊家真公主为鲁国大长公主，驸马蛮子台为济宁王。
不久，驸马济宁王蛮子台私杀罪人，御史台大臣弹劾他擅自处理。
铁穆耳没有包庇驸马，下旨让蛮子台知晓，同时下诏停止一切非急需的工程营建，免除五月以前积欠的钱粮。
他的这个做法，说明了他是个有原则的皇帝。
元贞二年，公元1296年正月，铁穆耳下诏因为忽剌出千户所部屯夫非常贫乏，所以免除其输租。
他虽然关爱百姓，实行仁政，可是，仍然有叛乱。
叛贼黄胜许攻打剽水口思光寨，湖广行省调兵击败了他，抓获其党羽黄法安等人，叛贼逃入上牙六罗。
安西王傅铁赤、脱铁木等人再次请求修筑王府，铁穆耳说：“去年阿难答已经面奏过一次了，朕以世祖定的规矩回复了他，如今再次奏请，难道想让四川、京兆全成为你们的吗？赋税、军站都是归朝廷所管，如今姑且同意你们的请求，置王相府。”
御史台的大臣说：“汉人的大臣，曾经被别人搜罗罪状打击，所以不敢直接对皇上进言。请皇上在近侍昔宝赤、速古而赤这两个人里，选择一个任用。”
皇上说：“怎么能任用他们？在汉人中选择有见识能办大事的人吧。”最终以御史中丞秃赤为御史大夫。
大德元年，公元1297年三月，以陕西行省平章也先铁木儿为中书平章政事，中书省左丞梁暗都剌为中书省右丞。
西蕃的贼寇攻打阶州，陕西行省平章脱列伯派兵进讨，其党羽全部平定，留军五百人戍守那里。八月，八百媳妇爆发叛乱，攻打彻里地区，铁穆耳派遣也先不花率领军队征讨他们。