再说朱棣进入京城后，分命诸将把守京城及皇城，还驻龙江，他下令抚安军民，同时大肆搜索齐泰、黄子澄、方孝孺等五十余人，并张榜其姓名称是奸臣。
公元1402年六月十四日，诸王群臣纷纷上书劝燕王朱棣登基。
十七日，朱棣拜谒孝陵。
这时，群臣为其准备好法架，奉宝玺，迎呼燕王朱棣万岁。
朱棣此时也不再假惺惺了，当下登上皇帝宝座，在奉天殿即皇帝位。
他恢复周王，齐王的爵位。
二十日，大肆宣扬葬建文皇帝，当然，建文帝并没有死。
二十五日，朱棣杀齐泰、黄子澄、方孝孺，并铲除其家族。
因连坐结党之罪而死的很多。二十六日，迁兴宗孝康皇帝主于陵园，仍称懿文太子。
七月初一，朱棣大祭天地于南郊，顺便祭奉明太祖，下诏曰:“今年以洪武三十五年为纪年，明年为永乐元年。建文帝时更改的成文法制，一复旧制。山东、北平、河南遭兵祸州县，免除徭役三年，没遭兵祸州县与凤阳、淮安、徐、滁、扬三州减免租税一年，余下的全国其他州县全部减免今年田租的一半。”
他的这诏书，很好地争取了民心。
朱棣在争取民心的同时，也在争取藩王之心。
他当上皇帝不久，为了安抚诸位藩王，稳定国内局势，同时表示自己和建文帝的不同，先后复周、齐、代、岷诸亲王旧封；当然，建文帝的兄弟，则是不能让他们为藩王。他把建文帝的弟弟吴王朱允熥、衡王朱允熞、徐王朱允皆降为郡王，同年又将已就藩的朱允熥、朱允熞召到燕京，以不能匡正建文帝为由废为庶人，软禁于凤阳，仅留朱允奉祀懿文太子，而朱允不久也于永乐四年死于火灾。
不过，等朱棣皇位巩固后，他展开和建文帝一样政策，那就是：实行削藩。