朱由检到福建主要是为了检查收复台湾的军事准备情况，和朱由检一同到达福建的还有分管国防部的第一副相袁崇焕，以及第五军区司令员祖大寿。
第五军区第一军驻扎在福建，军长左良玉，此次收复台湾的任务由左良玉的第一军来执行。
左军长在去年生了一场大病，在当地看了不少医生都找不到病因，病情还在不断恶化。最后转运到京城，韦东临从未来带过来的医疗组会诊后，找到了病因，对症下药，很快就治好了。大病初愈，又在京城休养了两个月。
身体完全恢复后，就投入到收复台湾的军事准备活动中了。左良玉认为捡回了一条命，往后的日子都是赚回来的，干劲十足。
收复台湾军事会议召开。朱由检、袁崇焕、祖大寿、左良玉和韦东临参加。
1624年荷兰东印度公司登陆台湾，拉开了殖民台湾的序幕。荷兰在台南修了两座城，分别是赤嵌城和台湾城，赤嵌城有军队400人。台湾城为荷兰总督驻地，有1100人驻守，战舰4艘，大小战舰各2艘。
赤嵌城和台湾城都是棱堡。棱堡是要塞城堡，平民和军人都生活在城堡里。形状像星星，城池的边角是突出去的，可以实现没有盲区、密集的火力输出。进攻方进攻任何一个面，都会面临2-3个方向的交叉火力射击。
在黑火药时代，棱堡是非常坚固的防御堡垒。但到了无烟火药时代，面对射程更远，威力更大、弹头可以炸开的火炮，棱堡的防御能力就显得不足了。要塞堡垒逐渐被钢筋水泥的碉堡群所取代。
真实历史上，1661年3月，郑成功率300余艘战舰，25000余人从金门出发，开始收复台湾之战。4月1日中午，成功登陆台湾岛。随即包围赤嵌城，并派兵切断了赤嵌城和台湾城的联系。
荷兰总督揆一收到赤嵌城的求救信息后，从水路派出战舰，从陆路派出两支共440名援军试图解围赤嵌城，三路援军都被郑成功的部队击溃。