投诚的船家商行掌柜秦祥在这次船帮大案里立了大功，唐大鹏兑现了诺言，安排他化装偷偷躲到了沿海一个小集镇隐居。秦祥一生平安，终老他乡。
船帮系列案是唐大鹏这个锦衣卫指挥使特使专案侦破审理的，而锦衣卫审理的案件，直接向最高领寻明成祖负责，地方官府根本无权过问。
唐大鹏的密报上去一个多月之后，皇上明成祖下旨，将保宁府锦衣卫百户所百户周鉴真及其参与围杀唐大鹏的锦衣卫们，全部凌迟处死，并株灭其九族，同时下令全国海捕在逃的锦衣卫。后来也一一缉捕归案，凌迟处死。
对船帮参与私盐武装贩运者，和后来赶来增援的船帮帮众，不分主从，比照“强盗已行得财律”，全部处以斩立决，并对负责人陆源平、保宁府同知罗慕天，及其船帮负责私盐贩运的骨干成员，全部枭首示众。
对保宁府知府赵常乐御下不严，处杖一百，罚俸半年。
此外，下令对在逃的船帮保宁府大掌柜陆源平、船家商行帐房先生王雄剑、原保宁府锦衣卫百户所樊总旗进行全国海捕。
几个月后，除了大掌柜陆源平一直下落不明之外，樊总旗和王雄剑相继被锦衣卫密探发现踪迹，抓捕归案，樊总旗被凌迟处死，王雄剑被斩立决。这是后话，按下不提。
明成祖同时下旨，对这次在征剿船帮私盐船队和保宁府锦衣卫叛贼战死的将士厚加抚恤，对杨俊豪、简慧、徐可、石秋涧等护卫保护特使及其家眷有功的护卫队员们，和这次战斗中立功的将士们给与了丰厚的奖赏。
明成祖还特旨嘉奖了宜山公主燕璐，鉴于燕璐带领亲兵铁骑在这次战斗中起到了至关重要的作用，成功保护了庆远伯唐大鹏，只是由于燕璐是女孩子，不能当官，所以在封赏她若干金银财宝之余，还破格任命燕璐的哥哥燕世雄为保宁府锦衣卫百户所百户，正六品，并授权其重新组建新的保宁府锦衣卫百户所。