太宗见魏徵直斥他是小人，不觉勃然大怒说：“你说寡人逢迎取巧，有何凭证？快快说来！若有半点差池，休怨寡人手狠手辣。”魏徵不慌不忙地说道：“陛下杀死先太子后，深恐太上皇加罪，陛下在延德宫朝见太上皇时，正当盛暑，太上皇坐在东轩，开胸纳凉。陛下跪在太上皇膝前，太上皇说了句‘骨肉相残，可恨可悲’，陛下无言可对，只管用口吮着太上皇**，假作悲泣，这便是逢迎取巧之道，这件事情陛下犹记得否？”魏徵话才说完，宇文士及就说道：“先太子已无道伏诛，万岁圣聪神明，谁不敬服，你怎敢当殿无礼？”魏徵大声说道：“昔日管仲为子纠之臣，曾射中桓公，今臣仅为先太子分辩了几句，如何能说臣无礼呢？”太宗见魏徵如此刚直，转怒为喜，好言抚慰，并立即下旨，拜魏徵与王珪同领谏议大夫之职，以后如遇朕有不德之事，准许你尽言极谏。
太宗的心腹之臣侯君集查获了庐江王瑷寄与先太子建成的密书，信的内容是唆使李建成、李元吉二人速速谋害太宗。太宗看了大怒，发狠要除去庐江王，尽管他是太祖的孙子、高祖的从弟、太宗的从叔。
庐江王预感到大事不妙，不甘心坐以待毙，聚众起了事。又是一场流血成河的厮杀，庐江王事败被活活地绞死，太宗下旨，废庐江王为庶人，谏议大夫魏徵知道后，便去朝见太宗，说先太子初死，人心未靖，朝廷宜坦示大公，不再株求，方可免却大祸。太宗依奏，又召还先太子党羽王珪、韦珽、杜淹同为谏议大夫，下诏令冯翊立、薛万彻等都归京都里。一时间，人心大定，内外都安。同时，太宗还派魏徵去宣慰山东一带，许他便宜行事。
魏徵向山东进发的在半路上遇到先太子的千牛官李志安和先齐王的护军官李思行二人被打入囚笼，押送京师。魏徵当即吩咐放了二人，他对押解官说：“皇上已有诏书在此，所有前东宫和齐府的余党概不究问，如今若再将二李囚解入京，岂不是让赦书反成虚文了吗？”太宗听说魏徵处理的这件事后直夸他有见识会办事，并传旨奖许，同时再降谕旨，以后凡事连东宫、齐府及庐江王瑗的，一概不准告讦，违令者反坐。