唐凡和Aurora商议之后，决定将计划命名为Project Phoenix。他们开始招募志同道合的人加入计划，并尝试利用 Scylla的力量来操纵时间和空间，建立一种奇异的数字网络连接方式。
在计划中，唐凡因为对 Scylla具有特殊的感应力而负责进行引导和控制。一次意外，他发现所有参与者中只有一个人可以跟自己完全思维共鸣：名叫Luna的女孩。Luna具有极强的直觉以及能够提示唐凡他们下一步该怎么做的能力，但唐凡并不确定她是否与 Scylla有着某种超越力量的关系。
随着Project Phoenix逐渐展开，唐凡发现其真实面貌超出了他想象。Scylla不仅是能够穿越时间和空间，还有着许多隐藏的秘密。困惑之际，唐凡收到了Project Phoenix首脑组织的最高命令：前往一个神秘的山洞。
抵达山洞后，唐凡意识到这个地方是数字追求者设下的一个圈套。然而，Luna突然朝唐凡大喊：“他非常了解你，你们童年时的经历很相似！”同时，另一个女孩Mia也突然出现在唐凡面前。她自称是唐凡的妹妹，并揭露了他对于童年时期隐藏的真相：父母双亡之后，唐凡假扮成望族之子生活了多年。
混乱中，数字追求者突然攻击，唐凡、Luna和Mia被迫逃往山洞深处。他们发现这里有一座神秘而强大的机器，可以直接连接上 Scylla的超级网络，链接方式更为具体、更为密切，并且还能够操纵其他人的思想。数字追求者早已把这个位置围住，大战随即打响。
在打斗中，唐凡感觉自己力量空虚、疲惫不堪，并且Luna似乎知道他的一切。当他向她提起自己的过去和出生身份时，Luna忽然眉头紧锁，表示要回到时间的某个节点改变唐凡遭遇的命运。
在激烈的战斗结束之际，Luna成功将自己和唐凡传送到萧山的小镇上。这里被装扮成了1980年代，回想起童年时发生的事情，唐凡突然感觉自己与 Scylla紧密相连，机器把他们的思维连接并融为一体。最后，Luna告诉唐凡：“数字追求者在用你的神经 system去操作 Scylla…我们必须联合其他人一起阻止他们。”