万历的生父穆宗朱载垕元配陈氏，北京通州（今通县）人，1567年册为皇后，但身体孱弱，多病无子。万历对待这位非亲生母倒也孝敬如常，即位后上尊号为“仁圣皇太后”，与生母“慈圣皇太后”两后并尊。
万历的生母“慈圣皇太后”李氏，北京顺天府漷县人。漷县地处北京东南80里，地临通惠河，金代为县，元代为州，明代又降为县，今属通县，又降为村，称漷村镇。李氏家境清贫，父亲是泥瓦匠。为了生计，她幼年被卖到通州陈家作使女，与陈家姑娘相处很好，情同姊妹，陈姑娘即后来的“仁圣皇太后”，正因为有这层交往，以致被朱载垕看中，选为宫嫔。生下了万历，母以子贵，被尊为“慈圣皇太后”，但仍与“仁圣皇太后”友善相处如初。太后出身寒微，对娘家人等管束很严。有一次父亲李伟为军中织造布匹，以次充好，从中渔利，引起军中不满，万历得知，取布检验，果然如此。万历报告皇太后，皇太后十分生气，传谕严办。辅臣张居正为了照顾皇亲，处罚了下属人员，皇太后得知，认为处罚不当，又召李伟父子入宫，叫他们跪在仁德门前，她亲升隆道阁，历数他们的罪行，李伟父子慌恐服罪。慈圣太后一生笃信佛教，宫中人为讨她喜欢，说她是九莲菩萨化身，而她也以菩萨自居，北京长椿寺悬挂着她的九莲菩萨影像，她把佛祖舍利在宫中供奉之后，又送往京南房山云居寺在雷音洞安葬；她在京城内外建筑的佛寺不计其数，京西八里庄经她修建的慈寿寺，规模很大。现在佛寺已经倾塌，但十三级砖塔，至今高耸入云；又广行善事，修桥补路，京南数百里的祁州（今安国）伍仁村的大石桥，也是她建的，石桥与铭刻，现在也完好如初。北方的名山古寺、佛事道场，几乎都得到她的支持与资助。上行下效，使万历一朝，佛教盛极一时。慈圣以太后之尊，动用宫中的“金花银”、“脂粉银”与国库的“帑银”建寺事佛，祈天赐福，以期皇朝永固，自然会通行无阻，朝臣们不敢提出意见，不过，上天尽可以赐福，皇朝也可能永固，而这堂堂皇朝又由谁来继承大业呢？