“立储之争”，使万历皇帝与群臣的斗争长达十余年之久。万历决心以顽强的意志和臣僚们作持久的对抗。群臣不让他立郑贵妃的儿子常洵为太子，他同样以各种理由为借口，也不立王恭妃的儿子常洛为太子，甚至不让常洛举行成人典礼，阻止随翰林院的官员就读。但是迫于宫廷内外强大的压力，万历最终还是向群臣屈服了。他答应让常洛出阁就读。万历既然亲口答应皇长子常洛出阁就学，便再无口实可以推托。但是负责此事的太监，深知皇上并不乐意为皇长子办出阁礼，于是开出一张令人瞠目结舌的账单，总计不下十万两银子。万历抓住这一把柄，传谕内阁，借口皇长子出阁礼所需费用浩大，“出讲少俟二三年，册立一并举行，庶可省费”。显然又是在刁难和要挟。事情又拖了一年，万历在群臣再度施展的压力下，不得不宣布：二十二年（1594年）二月初四日，皇长子出阁讲学，但以尚未册立为皇太子，侍卫、仪仗一切仪注，从简从略。尽管如此，皇长子朱常洛总算是向太子的目标又迈出了艰难的一步。此时他已十三岁了。
当然，万历对群臣的屈服，带着万分的不情愿和异常的愤怒，在他的心灵上从此留下了永久的伤痕，并随着岁月的流逝而越发痛楚。而“国本之争”所带来的恶果，也越来越明显地展现出来了。
万历二十九年（1601年）朱常洛被勉强立为太子，储位始定，其间竟经历了十五年之久的磨难。后人评论说：“自古父子之间未有受命若斯之难也！”
常洛立为太子，常洵已去洛阳封地。爱子远离膝下，宠妃泪洒衣襟，万历怀着难言的悲恸和无比的仇恨，面对他的群臣，也面对他的帝国，他要进行报复。这个报复的方式是独特的。早在万历二十二年（1594年），他三十二岁时，就开始了一种前所未有的对付臣僚、开脱自己过错甚至罪责的办法。自从万历十四年（1586年）二月掀起“国本之争”以来，万历先是以“皇子婴弱”为由，后来又以“群臣聒激”为借口，兼施高压和敷衍之计，久拖不立。后来，当万历知道再没有借口做为理由来拖延时，便绞尽脑汁，终于在万历二十一年（1593年）一月，捏出一个“三王并封”的“待嫡”之计。