夏代纪年已有结论，接着要叙述的是商代纪年的推定。
根据夏商周断代工程的课题设置，整个商代以著名的殷墟文化为界，分为商前期和商后期两部分，每一部分各设几个小的专题。
建立商前期年代学框架的主要依据是商前期考古学文化的分期与测年，以及商前期都城的历史地理学研究和古代文献有关商年记载的研究。
从考古学的角度看，属于商前期的重要遗址有郑州商城、偃师商城、郑州小双桥遗址、安阳洹北花园庄遗址、邢台曹演庄遗址和东先贤遗址等。如果以上述遗址的发掘和分期研究为基础，便可以建立起比较完整的商前期考古学文化序列。当然，在这几处遗址中，郑州商城和偃师商城又是主要研究探寻的对象，因为只有解决了这两座都城的年代和性质问题，才能确立夏商文化的分界。
偃师商城发掘现场，王学荣（右）向作者介绍发掘情况。
前面已经介绍，关于二里头遗址文化一、二期之间，二、三期之间，三、四期之间，四期与郑州二里岗下层之间等等，到底哪里是夏商文化分界的争论，在1997年11月于河南召开的“夏商周断代工程夏、商前期考古年代学研讨会”上，专家们通过对实物的观察，普遍趋同二里头文化为夏文化。也就是说，二里头文化已不存在商文化的问题了。那么最早的商文化在哪里？郑州商城或偃师商城哪一个是夏商划分的标志？随着问题的提出，学者们在将目光集中到郑州商城和偃师商城这两座文化遗址的同时，也围绕上述问题再度展开了激烈的争论。
偃师商城小城西北角与大城西城墙位置关系平、剖面图（引自《河南偃师商城小城发掘简报》）
就在“工程”开展不久，为便于14C测年研究，“工程”首席科学家专门安排考古人员对郑州商城和偃师商城某些区域进行了发掘，并提取了具有典型性的含碳标本。也就在这次发掘中，偃师商城的考古人员在原来大城的基础上，又发现了一座南北长约一千七百一十米、东西宽约七百四十米的小城。小城内外有壕沟、道路、墓葬、水沟、灰坑等遗迹。从所发掘的遗迹、遗物看，小城明显要早于大城，大城正是在小城的基础上兴建起来的。尤其在小城内宫殿区北部发掘出的一条大灰土沟，其时间跨度几乎涵盖偃师商城所有时期，大大有利于对其早期遗存面貌的认识和对城址性质的正确判定。据此，“工程”专题组成员、偃师商城的发掘者杜金鹏、王学荣等考古学家认为：