万历皇帝梓宫的左侧，放置着他的原配孝端皇后王氏的棺椁，其大小形状和右侧孝靖皇后的棺椁相同，保存较好。尽管椁的外侧出现裂缝，但无塌陷。从已脱漆的木质看，亦为香楠制成。
椁的盖部放置着两个形体不同的青花梅瓶，白地青花，周绘龙纹，色彩与质地尤如宫廷中摆置的梅瓶一样光艳夺目。两个梅瓶的底款分别是“大明万历年制”和“大明嘉靖年制”。由此推断，这是孝端皇后生前宫中的陈列品。
这种形式的梅瓶，在1951年北京西郊董四墓村明代贵妃墓的发掘中也有出土。明朝的妃嫔，除极少数受皇帝的宠爱被埋在十三陵内，多数都埋在此处。梅瓶作为殉葬品，可能是当时宫廷丧葬的习俗。
发掘人员撬开木椁，一口木棺露了出来。棺外有椁，意在以椁护棺，从而更有效地保护尸体。从国内外出土的帝王陵墓来看，棺椁质料不同，层数也有较大差异。在埃及图塔卡芒法老陵墓的发掘中，就曾发现有石椁和两层黄金制作的棺。而中国晚期朝代的帝王，则大多采用两层木质棺椁的形式。这从定陵和清东陵帝后的墓葬中可得到证实。
在孝端棺木的两侧，放置着四块玉料。这种玉料在帝后三人的棺椁外侧已发现二十七块，到清理结果发现，唯独孝端的梓宫内又增放四块。玉料大小形态不一，大部分都有文字。有的墨笔直接写在玉料上，有的贴着有墨笔字的纸，也有的两者兼备。写在纸条上的文字大都工整清晰，写在玉料上的笔锋粗糙，字体粗大，且不清楚，少数还有编号，都是记录玉料的名称、重量：
玉料十三斤
菜玉一块重十三斤
六十八玉料十五斤
六十八
菜玉料一块重十五斤十二两七十二号
浆水玉料一块重十
浆水玉料一块重十一斤