中国历代皇帝所面临的一个问题是，他们必须集中权力，以确保皇权独尊；但他们又必须适度放权，以让臣子去处理纷繁复杂的事务。在分权与集权之间，如何做好平衡，是考量皇帝执政能力的重要标准。
雍正登基之后，培养亲信大臣，打击朋党，整顿吏治，又在思想领域打击异端，争夺舆论阵地，宣传清廷统治的合法性。在这一过程中，雍正已开始构思创设一个政治机构，这个政治机构专属于皇帝，由皇帝任命，唯皇帝是从。这个政治机构必须效率极高，又具备保密性，但却没有专属府衙，也没有专门官吏。它既能满足皇帝集权的需要，又能高效地处理军政，控制思想，预防朋党。雍正七年，带着这个机构的蓝图，在张廷玉的辅佐下，雍正一手创设了影响清朝国运、主持清朝大政一百八十三年的军机处。
军机处创设后，议政王大臣会议、内阁被彻底架空，皇权一统，乾纲独断。军机处的负责人军机大臣，由皇帝挑选内阁中的满汉大学士、各部尚书、侍郎等亲信大臣担任。虽然名义上到军机部上班是兼职，但基本上军机处都在军机处办公。而自军机处设立后，军国大事概由军机处负责。用兵时，由军机大臣决定战略方针，皇帝批准之后，再以谕旨发往前方。前方将领的请示，经由军机处讨论，奏报皇帝批准后，再发往前方执行。至于用兵时的兵马粮秣、山川地形、人文地理之类，概由军机处主持策划，这便是后世参谋本部的雏形了。
在重要案件上，军机处能越过刑部，取得法律执行权。军机处审理案件，一种是由军机大臣单独审讯，将被审者押到内务府公所或步军统领衙门内接受审问。另一种则由军机大臣会同刑部审讯。案件涉及的都是当朝大员，故而交给军机大臣来处理。军机大臣还可以推荐重要职位官吏，从六部尚书到各省督抚，乃至地方官员，由军机大臣开列名单，交给皇帝选择。