元代的农业，虽然在实践上没能让百姓温饱有余，但在技术和生产上是有较大进步的。在《四库全书》中收录的农书有10部，元代就占了3部，仅次于明代（明朝有4部），可见元朝统治者是十分重视农业发展的。尽管在元朝统治初期，其目的主要是为了满足军需，但在客观上也起到了恢复农业生产的作用。忽必烈在1270年就设立了司农司，专掌农桑水利；派遣劝农官，察举农事，并以此来考核地方官的政绩，所以中央政府和地方官都有编纂农书的积极性。
1273年，为了推广农业生产技术，司农司博求古今农书，在删繁择要的基础上编成《农桑辑要》一书，并刊刻颁行天下。《农桑辑要》总结了13世纪末期以前我国北方地区农业生产的经验和技术，反映了我国作物栽培的进展情况，其中有关木棉的输入、栽培以及棉花的加工技术等内容，尤其值得注意，是研究古代农书的宝贵文献。同时，这部书也是我国古代第一部由政府编行的指导农业生产的农业全书。元代曾将此书多次翻印，到1332年，一次就印了10000部。
1314年，畏兀儿农学家鲁明善又撰写了《农桑衣食撮要》，弥补了《农桑辑要》对于岁月杂事的叙述比较简略的不足。农学家王祯的《农书》则是我国历史上第一部在全国规模上对整个农业作系统研究的农学巨著。《农书》分三大部分：第一部分“农桑通诀”，总论农业历史、农耕的各个环节和农业的各部门；第二部分，分别叙述各种农作物的培养方法；第三部分是这本书最富创造性的部分，王祯在文字叙述的基础上共收录了各种农具和农业机械图306幅，分12门和数十项，图文并茂，介绍了各项农器的构造、渊源、演变和用法。
因为元朝是一个世界性的庞大帝国，因此，元代的医学有着中西方文化交流的特点。传统中医学说进一步发展，并吸收了阿拉伯医学的精华。