至正十六年初时，由于方国珍部一直未真正降附元朝，因此在这年的二月，危机四伏的江浙行省便起用了刘基为行省都事，到次年又改任枢密院经历，与行省院判石抹宜孙同守处州。
石抹宜孙是契丹人，此人嗜学问，好赋诗，为政颇有政绩，赢得了治下百姓的一致爱戴。石抹宜孙不伐不矜，与刘基彼此性情、抱负相契，又都雅好诗赋，因此相互间十分推重。刘基曾在诗中赞叹石抹宜孙道：
绿 骅骝不服骖，王良造父亦难堪。
羡君名重中台上，勋业终光北斗南。
露井凄风残绿少，霜林落日乱红酣。
侯封职在同藩屏，班爵无劳阿化男。
在当时的处州，日渐汇聚起一大批有识之士，除了刘基，还有胡深、章溢、叶琛等人，他们成为对手眼里一股不可小觑的势力，是浙东文士集团的典型代表，更成为元璋日后急欲瓦解、拉拢的对象。
刘基这次被起用，被赋予的权力甚大，可以自行募集义兵，捕杀那些拒招不从的民军，因此刘基建立起了一支由自己控制的数千人的武装。当时处州一带的青田、丽水、松阳、遂昌、缙云等县都爆发了民众起事，刘基赴任后便作下《谕瓯括a父老文》，以此劝说那些起事的民众停止对官府的反抗和对地方的骚乱破坏。与此同时，刘基为石抹宜孙筹谋赞画，协助官军镇压和招抚处州一带的民军，没多久这些民军就被扫**殆尽。
当时方国珍部经常在处州一带出没，四乡八邻的受害者不少。为了减少方国珍部的危害和遏制其扩张，刘基便向石抹宜孙建议道：“方国珍来往于海陆之间，出没无常，我等应当在各要害之地多多修筑城池，步步为营，以堡垒之策对方部贼寇形成压迫之势，逐渐缩小其生存圈子，乃至最终灭之。”
a 瓯括，指处州和温州。