史万岁军数十日杳无音信，远近皆以为其部已全军覆没。由于水陆交通阻绝，信使不通，史万岁只得置书信于竹筒之中，浮于水上，顺流而下。有取水之人得到竹筒后，报告给杨素。杨素大喜，并上奏报于隋文帝。隋文帝接报后赞叹不已，赐史万岁家钱十万，官拜左领军将军。杨素军也继续追击反隋散兵，抓获高智慧，平定了叛乱。
南宁州(治味县，今云南曲靖西)羌族首领爨翫于隋初接受招抚，被任命为昆州(治在今云南昆明市西郊马街附近)刺史，后又叛隋。
开皇十七年(597年)二月，隋文帝史万岁为行军总管击爨翫。史万岁率部经蜻蛉川(今云南大姚)、弄栋(今云南姚安北)、小勃弄、大勃弄(二地均在今云南下关东南)，进入南宁州地区。爨翫依险固守，均被史万岁击破。隋军行数百里，经过诸葛亮纪功碑，见其背刻铭文：“万岁以后，超过我的就过此界。”
史万岁令左右将碑倒置，继续向西挺进，渡西洱河(今云南洱海)，入渠滥川(位于云南下关东北)，转战千余里，破西南羌族30余部，俘二万余人，诸羌大惧，爨翫被迫再度请降。献明珠宝物，表示愿听约束，并刻石勒铭，赞颂隋朝圣德。史万岁遣使飞骑上奏，请将爨翫入朝，隋文帝准其所奏。
但爨翫心怀二志，不想随军入朝，便以金宝贿赂史万岁，于是史万岁便放爨翫而还。当时蜀王杨秀正在益州(今四川省成都)，知其受贿，派人索取。史万岁闻知此事，将所得金宝全部沉于江底，杨秀无所获，只得作罢。
史万岁以平定南方各部落之功，位进上柱国，晋王杨广虚怀敬重他，并用朋友的礼节待他。隋文帝知道他被晋王看好，就派万岁监管晋王府的军中事务。
第二年，爨翫又反叛。蜀王杨秀弹劾史万岁受贿纵贼，致生边患，毫无大臣气节。隋文帝下令严查此事，查对属实，其罪当死。