一
细川军渡海到天草的同时，锅岛、立花、有马的军队也出动赴岛原，并与岛原领主松仓会师岛原城（现在的岛原市）下迎接幕府的征讨使板仓重昌。大军凡二万人。
“百姓的暴动有什么了不起！”
意气飞扬的板仓重昌率领大军一举攻向原城。
重昌命锅岛打先锋，但领主松仓长门守却请求说：“事情发生在我领土上，请由我军任先锋！”
重昌遂改令锅岛担任高冈地区的先锋，松仓任海边地区的先锋。
二万大军分海陆两路南下，逼向有马村的原城，但重昌及领主长门守等看见原城时，都不禁发出了惊呼声。
据闻，原城本是一座只留下石墙的已毁古城，但现在除城门外，还有一两座天守阁，已是一座高耸坚固的城堡，处处飘扬着染有十字的白旗。从附近各村收集的情报判断，固守城堡的叛徒达三万人，弹药、军粮也很充分。
十二月十日，以松仓军为海滨地区的先锋，锅岛军为高冈地区的先锋，有马及立花随其后将城堡团团包围，发出喊声。城兵毫不畏怯，激烈反击。攻城者伤亡枕藉，只得后退。
十一日及十二日又重整旗鼓进攻，结果仍然后退。本想一举攻陷城池，想不到竟如此艰难。
反之，城内暴徒却意气昂扬，认为预言应验，基督之世已将来临。首领是天童天草四郎时贞，环绕着他的参谋是芦冢忠右卫门、赤星主膳、会津宗印等十三名浪人，他们以四郎为中心召开军事会议。
又，步兵首领由大藏忠次、有马龟之丞、山田右卫门等十浪士充当，以五千人固守二丸；固守出丸的则为田岛刑部率领的三千人。大江口则由大矢野作左卫门率领附近五村的一万五千人防守。
此外还依法设立武者奉行、普请奉行、使番、夜回番头(15)、旗奉行等吏员，固守城池。板仓重昌等最大的误算是将这些暴徒看成一般老百姓，其实统领天主教徒的实是灵巧老练的浪人。