“亚细亚”星舰的Tr-13古树是星舰联盟最古老的树，它扎根在一片叫作新云梦泽的大湖泊中心，几乎跟星舰联盟一样古老。在漫长岁月中，它不知道倒下过多少次，又顽强地重新抽根发芽，每一段嶙峋的枝丫都挂着褐色的气根，老的树干腐烂完了，新的气根沾到泥土之后又生长发育为新的枝干，一层层、一簇簇地向外蔓延着生长。整个Tr-13古树已经找不到最早的主干，却有着数以万计从气根发育成的新主干，共同支撑着它占地近百平方公里的树冠，不知道从什么时候起，人们给它起了一个充满敬意的名字—树祖。
在地图上，新云梦泽、有巢市和树祖的坐标是重合的，在星舰联盟草创之初的艰难岁月里，树祖只是一棵扎根在炽热的原始地表上的小树苗，那时的有巢市还只是一个叫作096号的小小星舰的人造生物圈监控中心，只有区区几名工作人员。后来随着生物圈的建成，越来越多的生物学家和为这些科学家服务的后勤人员从流浪飞船来到星舰表面定居，围绕着这座小小的实验室，慢慢变成096号小村、096号小镇，直至扩张为一座三十万人口的小城市。
树祖的成长跟城市几乎是同步的。在城镇扩张的早期，人们在这棵慢慢长大的大树上建造树屋、铺设吊桥和道路。不知不觉几千年过去，这里竟然变成一座巨树上的城市，生活在这棵巨树上的人就像树荫里的小蚂蚁，巨树刺破云霭，宛若盘古巨神撑起整个天空。
当096号定居点发展到城市规模之后，人们觉得有必要给这座特殊的城市起个名字，一句玩笑话成了这座城市名字的由来：你看我们像不像祖先有巢氏那样以树为家？于是这座建筑在树祖巨大的枝丫上的城市就有了一个特殊的名字：有巢市。
树祖不是地球上的任何一种树种，它是五千年前在建造人造生物圈时，为了能在当时剧毒的原始大气和滚烫的原始岩石地壳中扎根生长，承担起改造大气环境的责任，由最高科学院设计的人造植物。它没有繁殖能力，但顽强的生命力赋予了它近乎永恒的生命，几千年来始终枝繁叶茂。今天的有巢市见不到在其他城市中常见的高楼，只有绿叶成荫的大树上如果实般倒挂的树屋，一座座吊桥和缆车在七八米粗的树杈之间纵横交错。很久以前滚烫的大地如今已经变成一片水乡泽国，树祖是这中心唯一的城市，人们在树祖的气根下划船、养鱼，在这个世界中过着独一无二的树中生活。