光阴荏苒，一千年后，那颗定居的行星在超新星爆发中化为灰烬，然后又再过四千年，当年图纸上遥不可及的星舰建造计划已经化为漫天巨舰，游弋在茫茫星海中。巨大的戴森球体笼罩着这些行星级的巨舰，随着巨舰移动，阻隔了人造星体散发的光芒，让星舰联盟隐藏在黑暗的太空中，宛若幽灵般无声无息。当大家再一次发现适合人类定居的星球时，流放者兄弟会早已改组为星舰联盟，一艘艘宛若行星的星舰近距离地从行星边掠过，每一艘都拥有着跟地球类似的生物圈，区区一颗行星已经无法再入大家的法眼。
对任何一颗星球而言，摸清周边的环境都是很重要的事，对星舰联盟来说也不例外，庞大的舰队不停地游弋在星海中，摸清自己所能到达的每一颗陌生星球的情况，才能保障联盟的安全。
星舰联盟为了安全而扎紧了自己的篱笆，在一些外星文明中，来自星舰联盟的商品就成了紧俏货，走私和缉私就像猫抓老鼠般一直持续不断。
一支走私舰队被缉私警务船押送回星舰联盟，却发生了一件不怎么好的事情：走私船不敢走正规航线，它穿越了一条陌生的星际尘埃带，数十名走私者连同押解他们的警察都被不明病原体感染，被紧急送往“斯堪迪”星舰的医院救治。那些病原体传染性极强，短短两天时间，整个医院的工作人员都被感染，医院所在城市的居民被紧急疏散，所有的街道都被身穿防护服的士兵封锁，避免病原体扩散到别的城市去。
疫情的恶化出乎所有人的预料，最高执政官召集最优秀的传染病专家对病情进行研究，同时火速赶往发生疫情的城市，他知道进入疫区是非常危险的事，稍有不慎，他自己也会被感染，但他既然是最高执政官，那就必须站在最危险的地方，稳定整个星舰联盟的民心。