不久，杰罗姆开始大张旗鼓地清理亚历山大城的知识界。在他召集的三百人公众集会上，那些“未经修订”的书籍被大火焚毁，不相信“上帝可证”的学说被公开销毁，具有讽刺意味的是，“希帕提娅的学生”不遗余力地批判着他的老师，驱逐与她相关的一切学说与学者，六翼天使神庙也不能幸免。彼得带领一群暴徒冲入了神庙，轻车熟路地翻出了希帕提娅的罪证：一些她注解、修订过的科学、哲学著作、神秘主义的“黑暗学说”，一些精妙的化学实验设备、天文观测仪器……神庙的大理石柱正在簌簌战栗，那曾经冠盖云集的热闹场面已**然无存。希帕提娅关闭了她的学堂，主动断绝了与总督大人的交往，以免引起基督徒们不必要的联想。我时常想，如果我的老师闭门研修自己的学问，就能回避那复杂的人群、喧嚣的声音该多好。
四旬斋的三月里，越来越多的迹象在暗示希帕提娅危险的处境，起初是叙内修斯潜回亚历山大，劝说希帕提娅皈依基督教。而他本人，已经在罗马受洗入教了。希帕提娅委婉地拒绝了他的好意，她没有解释原因；到了三月中旬，基督徒们的愤怒愈演愈烈，有谣言说是她阻挠了总督大人与主教大人之间的关系；再后来，总督大人又一次托人转告她，劝导她离开亚历山大，我也无数次哀求她逃离这混乱之城，她均拒绝了。我无法理解她的逻辑，不久前还是她请求与我一同逃亡海外，而此时，她却怀着一个殉道者一样的执着与平静—我的老师似乎已经预知了她的生命轨迹，正如她对日月星辰运行轨道的了然于心。
三月下旬的一天深夜，希帕提娅站在空****的石阶上，月光的清辉把大理石柱照得雪白。我坐在平时讲堂上习惯的位置，用星盘观测着星辰的角度。她读着表盘上的数字，对比着往年的记录，忧心忡忡地说：“如果托勒密是对的，为何金星和木星均有一年周期呢？”