晋商的成功与辉煌在整个中国商业史上都无与伦比。但令人遗憾的是，在最后的应变中，晋商未能表现出崛起时那种对局势的把握和对经营市场的自信，再加上的客观环境的残酷及晋商自身早已蕴藏的败因，最终他们还是走向了衰亡。
1．外患：国乱商亦乱
晚清社会极为动**不安，战乱连年，而晋商是战乱的直接受害者。
外有帝国主义入侵，内则有农民起义不断，晋商持续发展壮大的机会每每被战乱所毁。遭遇两次鸦片战争及太平天国农民起义后，晋商的损失尤重。“买卖在三江两湖者十居八九，自粤匪窜扰以来，南省半为贼扰，山西买卖十无一存，祁太汾平各省向称为富有者，一旦化为乌有，住宅衣物之外，别无长物。”山西籍官员徐继畲的痛惜不无激愤之词，他把晋商所遭受的损失全归之于太平军，这明显与事实不符，这其中其实危害最大的反而是官军的趁火打劫及地方官吏的肆意敲诈勒索。当然，我们不能否认，在战乱期间，太平天国农民起义也确实给晋商带来一定的危害，然而，归根结底，晋商所遭受的巨大损失是清政府的腐败堕落所致。
晋商当时的惨状，在“日升昌”总号给汉口分号要求撤庄的信中、就有反映：“昨接重、成两处来信，军务甚是紧急，成都左近四面贼匪扰乱不堪，兼之省城勒捐输，以致生意之家实难存站，平已寄信去矣，即着成伙速归重号，暂作躲避。至重地一二百里，亦是贼匪搅扰，人心亦属惊惶，如再不妥，亦要迁动。祁为见信之日，万不可做成、重两处收交主票。至于京、口、汴、沙、长均已定收庄，不可做此几处收交之票，亦不可存银，总以寻下交项再可做收项，以待时势而动，若成、重之地如不碍事，我号尚可暂行小小而做，收南交北。重、成若坏，我号各码头亦得暂行归结。”，有“天下第一票号”之称的日升昌尚且如此惨淡维持，其它各票号的现状就可想而知了。