在唯物主义历史观的方法系列中，社会有机体的方法具有特殊意义。正如列宁所说：“马克思和恩格斯称之为辩证方法（它与形而上学方法相反）的，不是别的，正是社会学中的科学方法，这个方法把社会看作处在不断发展中的活的机体”；“辩证方法要我们把社会看作活动着和发展着的活的机体”。[37]我们不能把唯物史观的社会有机体理论仅仅看作理论。实际上，方法与理论具有内在的联系，辩证法既是方法又是理论，唯物主义既是理论又是方法，“唯物主义方法”。在唯物史观中，理论与方法融为一体，有着无比坚实的基础。
按照马克思的观点，社会有机体要存在下去，首先就要不间断地进行人与自然界之间的物质变换，进行物质生产。物质生产是社会与自然之间的直接接触点和物质转换器。自然只有在人们的物质生产活动中才能转化为社会的要素并对社会发挥作用，社会有机体也只有以物质生产为基础才能生存下去。社会有机体的分析首先是物质生产的分析。
任何一个社会除了要进行物质生产外，还必须进行精神生产，因而，要把握社会有机体，必须从物质生产上升到精神生产的分析。精神生产就是“思想、观念、意识的生产”，是系统化、理论化、实物化的精神产品的生产。按照马克思的观点，精神生产最初是直接与人们的物质生产活动交织在一起的，且是人们物质活动的“直接产物”，尔后又成为物质生活过程的“必然升华物”，具有了相对独立性。
精神生产受制于物质生产以及人本身生产，同时又影响和驾驭物质生产以及人本身生产，其功能具有全面性、辐射性，是社会机体维系各种关系的导向器和控制器。任何一个社会要维持自己的存在，必须进行两方面的精神生产：一是意识形态的再生产，其目的在于调节和控制社会力量；二是自然科学的生产，其目的在于调节和控制自然力量。这两种形式的精神生产对社会有机体的存在都具有重大意义。离开前者，人类社会就形成不了任何自觉的集体行为；离开后者，人类社会将永远处在自然的奴役之下。