陈寿撰《三国志》，除了他对魏、蜀、吴的历史有一个总揽全局的器识以及于分裂中仍不失却统一多民族国家的历史见识外，其历史思想在《三国志》中还有另外几个方面的突出反映。这就是关于“神明”和“天命”及其与人们的现实命运的关系，关于历史形势及其与人们的实际活动的关系，关于政治制度与历史前途的关系，关于形形色色的历史人物评价等。
陈寿对于“神明”和“天命”，是采取淡化的态度。他没有直接表明“神明”和“天命”的作用。陈寿记刘焉听信“究极图谶”的董扶所言“京师将乱，益州分野有天子气”，乃“意更在益”，到了益州后，“务行宽惠，阴图异计”，并“造作乘舆车具千余乘”，其意渐盛，但终究不免于失败。针对刘焉的结局，陈寿评论说：“神明不可虚要，天命不可妄冀，必然之验也。而刘焉闻董扶之辞则心存益土，听相者之言则求婚吴氏，遽造舆服，图窃神器，其惑甚矣。”[144]陈寿说“神明不可虚要，天命不可妄冀”，说明他没有否定“神明”和“天命”的存在，但他对散布图谶之言和相信董扶妄人的刘焉持明确批判的态度，说明他是把观察形势、时变的重心放在人事方面。他正是通过这种批评，揭示刘焉在政治上的能力与他的政治打算相去甚远。
尽管如此，陈寿的历史思想中还是多少存在着宿命论的成分。如他写曹操“少机警，有权数，而任侠**，不治行业，故世人未之奇也；惟梁国桥玄、南阳何颙异焉”。桥玄对曹操说：“天下将乱，非命世之才不能济也，能安之者，其在君乎！”[145]桥玄如何判断出“天下将乱？”即使他善于观察形势，他又怎么能判断出“能安之者，其在君乎？”这就不免在宣扬一种神秘论了。又如他写刘备，说是其舍“东南角篱上有桑树生高五丈余，遥望见童童如小车盖，往来者皆怪此树非凡，或谓当出贵人”。又说刘备“少时，与宗中诸小儿于树下戏，言：‘吾必当乘此羽葆盖车。’”又借刘元起的口说：“吾宗中有此儿，非常人也。”[146]所记“往来者”语、刘备语、刘元起语，也都具有神秘的色彩。这虽不是宣扬“神明”与“天命”，但还是会给从人事出发的思想罩上一层阴影。陈寿历史思想的矛盾性就在这些地方表现出来。