贯穿于清人瘟疫理论的是对“疫气”的认识，实际上，当时各种文献往往以“时气”、“疠气”、“疫气”等名词来指代我们所说的瘟疫。他们认为，瘟疫的出现，是由天地间因各种原因生成的疫气所致[1]，疫气熏蒸，为人所感触。感触的途径则主要由口鼻而入。从这一认识出发，时人必然会认为，瘟疫是通过气传播的，也就是说，瘟疫的传播途径主要就是呼吸传染。这也就是我们所说的主流的理论体系化的认识。不过，现有医史学界的一些研究，则往往根据某些个别的论断，认为时人已认识到多种传播方式。比如，吴有性《温疫论》的评注者认为：
他明确指出传染途径“有天受，有传染”。这里所说的“天”，不是指日月星辰之天，他补充说：“凡人口鼻之气通乎天气”，很明显是指空气；所谓“传染”，则系指接触传染而言，其意甚明。[2]
蒲辅周也认为吴有性的论述说明了“致病因子是经过呼吸道的鼻子和消化道的口的途径而传染人人体的”[3]，明显暗示了吴已认识到空气和食物两种传播方式。
在对以上观点进行评论之前，还是先看看他们据以得出结论的原文。
邪之所着，有天受，有传染，所感虽殊，其病则一凡入口鼻之气，本气充满，邪不易入……[4]
从这段文字中就可以看到，这里的口鼻连用，指的明显是呼气的通道，而与现代意义上的消化道没有关系。如果再看看以下文字，认识就会更加明确：
疫病，是天地不正之异气，四时皆有，能传染于人，以气感召，从口鼻而入，不比风寒，乃天地之正气，从皮毛而入，不传染于人者也。[5]
至于说，“天受”和“传染”中的“传染”是指接触传染，初看颇觉在理，而且若仅仅拘泥于以上那段文字，作这样的理解也没有问题。但如将此置于清代温病学的理论发展体系中加以理解的话，就会发现，事情并非如此简单，因为《温疫论》最主要的论点就是“戾气说”，即认为不同于六气的“天地间别有一种异气”为瘟疫致病之原，既然认为气为病原，传播自然要是通过空气，又怎会需要通过接触传播呢？[6]显而易见，在理解古代医籍中一些表述不是非常明确的论述时，绝不能断章取义，而应将其置于作者本人总的思想体系乃至当时整体医学思想发展脉络中加以认识。如果对照一下以后一些医家的论述，就会发现，吴有性所说的“有天受，有传染”其实是说，瘟疫有的是感受天地间生成的疫气而得，有的则是感触病人的病气而染。《疫痧草》中一段类似的论述将此表述得颇为清楚：