日方在东方考古学协会成立后表示：“考古学——特别是研究东亚考古学，实为东方诸学者所负一大人类义务。这是数千年栖息于此、有悠久传统和众多遗产的亚细亚民族的特权。日中两国学者合组的东方考古学协会，可使此‘亚细亚之光’于人类文化史上灿然生辉”，以此为该会存立的意义并预祝其未来的发展。[1]而中国学者显然也有借此光大本国文化和发展学术的期望。只是双方对于如何利用这一共同机缘并发挥各自的作用，想法并不一致。
日方动议日中合组考古学机构，公开声称是“为促进东亚诸地的考古学研究，与各国特别是邻邦中华民国考古学界增进友谊，交换知识”，实际上主要目的有二：一是利用合作名义，便于在中国境内进行调查发掘活动，尤其想参与举世瞩目的殷墟发掘。二是派遣留学生来华学习和考查。此举与日本的大陆政策以及风尚转向东方主义相吻合，因而得到日本政府的支持，其发掘考查及派遣留学生，均由外务省、关东厅和朝鲜总督府提供资助。东方考古学协会作为日本“对支文化事业”的一环，虽以“提携日中两国间的精神与文化”为目的，实际上日本官方一开始就视为“帝国政府的事业由帝国单独实施”，只是鉴于该事业主要在中国境内进行，须与中国人合作，才要尊重中国朝野的希望和意向。[2]而中方虽然也有引进外国财力和技术的愿望，以落实长期不能付诸实现的实地考古发掘设想，却较少政府意愿，并限于学术本身。因此，在东方考古学协会的旗号之下，双方的不和谐时有表露。
首先，在名义上，东方考古学协会与东亚考古学会时有混淆。如1927年在东京举行的大会，既是东方考古学协会第二次年会[3]，又是本应成立于前的东亚考古学会的第一届总会。而1926年、1929年的北京会议和1928年的京都会议，则分别为东方考古学协会的第一、三回总会和东亚考古学会第二回总会。[4]两会的交错和中日双方各自强调与己关系密切的一面，使得社会上乃至学术界本身误传甚多。关于第一次貔子窝发掘的主办者，1927年8月日本《史学杂志》第38编第8号刊登消息《貔子窝の发掘》，声称系以东方考古学协会名义组织，桥川时雄主办的《文字同盟》第3号报道此事，也以《中日学者合作之发掘古物》为题，称“日方好古之士，与中国国立北京大学考古学会、国立历史博物馆代表陈垣、罗庸、董光忠、马衡等四人共参其事”。“发掘所得，暂由京都帝大运回整理。俟整理后，运送北京一部分，交北大考古学会及历史博物馆陈列。”而后来日方撰写报告书时，则以东亚考古学会和关东厅博物馆的名义，并得到外务省文化事业部和关东厅的援助。报告书出版时也标名为“东亚考古学会的东方考古学丛刊甲种第一册”。亲历其事的庄尚严后来回忆，组织东方考古学会除互相观摩、交换学生外，还“互相参加两国自己举办的考古发掘工作”。[5]滨田耕作专文介绍两会的联系与区别，立意之一，当也在澄清误会。