哲学史料既经审定，还须整理。无论古今哲学史料，都有须整理之处。但古代哲学书籍，更不能不加整理的工夫。今说整理史料的方法，约有三端：
(一)校勘 古书经了多少次传写，遭了多少兵火虫鱼之劫，往往有脱误、损坏种种缺点。校勘之学，便是补救这些缺点的方法。这种学问，从古以来，多有人研究，但总不如清朝王念孙、王引之、卢文弨、孙星衍、顾广圻、俞樾、孙诒让诸人的完密谨严，合科学的方法。孙诒让论诸家校书的方法道：
(二)训诂 古书年代久远，书中的字义，古今不同。宋儒解书，往往妄用己意，故常失古义。清代的训诂学，所以超过前代，正因为戴震以下的汉学家，注释古书，都有法度，都用客观的佐证，不用主观的猜测。三百年来，周秦两汉的古书所以可读，不单靠校勘的精细，还靠训诂的谨严。今述训诂学的大要，约有三端：(一)根据古义或用古代的字典(如《尔雅》、《说文》、《广雅》之类)，或用古代笺注(如《诗》的毛、郑，如《淮南子》的许、高)作根据，或用古书中相同的字句作印证。今引王念孙《读书杂记余编》上一条为例：
这一则中引古字典一条，古书类似之例五条，古注四条。这都是根据古义的注书法。(二)根据文字假借、声类通转的道理。古字通用，全由声音。但古今声韵有异，若不懂音韵变迁的道理，便不能领会古字的意义。自顾炎武、江永、钱大昕、孔广森诸人以来，音韵学大兴。应用于训诂学，收效更大。今举二例。《易·系辞传》“旁行而不流。”又《乾·文言》“旁通情也。”旧注多解旁为边旁。王引之说：“旁之言溥也，遍也。《说文》‘旁，溥也’。旁、溥、遍一声之转。《周官》男巫曰：‘旁招以茅’，谓遍招于四方也。《月令》曰：‘命有司大难、旁磔’，亦谓遍磔于四方也。……《楚语》曰：武丁使以梦象‘旁求四方之贤’，谓遍求四方之贤也。”又《书·尧典》“汤汤洪水方割”；《微子》“小民方兴，相为敌仇”；《立政》“方行天下，至于海表”；《吕刑》“方告无辜于上”。旧说方字都作四方解。王念孙说：“方皆读为旁。旁之言溥也，遍也。 《说文》曰：‘旁，溥也。’旁与方古字通（《尧典》“共工方鸠僝功”，《史记》引作旁。《皋陶谟》，“方施象刑惟明”，新序引作旁)。《商颂》‘方命厥后’，郑笺曰：‘谓遍告诸侯。’是方为遍也。……‘方告无辜于上’，《论衡·变动篇》引此，方作旁，旁亦遍也。”以上两例说方旁两字皆作溥、遍解。今音读方为轻唇音，旁为重唇音。不知古无轻唇音，故两字同音，相通。与溥字、遍字，皆为同纽之字。这是音韵学帮助训诂学的例。(三)根据文法的研究。古人讲书最不讲究文法上的构造，往往把助字、介字、连字、状字等都解作名字、代字等等的实字。清朝训诂学家最讲究文法的，是王念孙王引之父子两人。他们的《经传释词》用归纳的方法，比较同类的例句，寻出各字的文法上的作用，可算得《马氏文通》之前的一部文法学要书。这种研究法，在训诂学上别开一新天地。今举一条例如下：