金融工程是一门综合性学科，但它不是各个组成部分的简单加总，而是这些组成部分的有机结合。它已经形成了自身的知识结构和逻辑关系，金融工程的基本结构主要由理论工具、实体工具和方法与策略三个部分组成。
（一）理论工具
理论工具是指使金融工程成为一门正式学科的那些概念、思想和理论。包括：估值理论、投资组合理论、资本结构的M－M定理、资本资产定价理论、套期保值理论、套利定价理论、期权期货定价理论、风险管理理论、会计关系、税收待遇等。
（二）实体工具
实体工具是那些为了达到某一特定目的而设计的金融工具和金融手段，大体上分三大类。
第一类是现货工具，主要是商品、货币、外汇、债券、股票等。第二类是衍生工具，既包括远期、期货、互换、期权等基本的衍生产品，也包括在此基础上再衍生出来的复合衍生产品。如期货期权、远期期权、远期互换、交叉货币互换等。第三类是混合工具，主要是由基础证券与衍生证券结合得到的混合证券，如可赎回债券，可转换债券、可回售债券等。
这些实体工具既是金融交易的交易对象，也是用于金融工程分解与组合业务的零部件。在应用中，可以直接采用现有的标准化规格，也可以按特定的需求另外定制，还可以运用各种方法加以组合。如果某一种金融工具结构不够满意，还可以调整直至取得理想的结果。例如，某交易者准备买入期货，但对目前期货趋势判断不是很明朗，又担心到明朗时期货价已涨高，人们设计出期货买权就可以帮该交易者实现他的意图。先买入期货买权，然后等待期货走势明朗再确定是否买入期货。
（三）金融工程的方法与策略
金融工程的方法与策略是指人们运用理论工具和实体工具来解决金融实际问题的一系列方法、策略和技术。包括投资策略、风险管理策略、套利策略、利率免疫策略、资产负债管理、避税策略、流动性管理、利用合成和剥离来升值、投机等等。