由于农村信用社是农村金融机构的主体，农村合作银行和村镇银行同属于农村社区型金融机构，其业务类型和经营管理与农村信用社基本相同。所以，我们仍以农村信用社为主框架，讨论农村金融机构的风险管理问题。
一、农村信用社的风险管理
风险管理就是要度量风险，并在此基础上对其实施监测和控制。现代金融业的风险管理已经把重点从对单一的平均数预测转变为对潜在偏离的范围及结果的研究上来。农村信用社在加强经营管理、识别风险类型、分析风险成因的基础上，监测经营过程中产生各种风险的可能性，对各种不可避免的经营风险进行事先、事中控制将变得尤为重要。
应该说，风险将给未来带来或有成本，这些成本必须通过某种方式计算或衡量。忽略今天的风险，就等于忽视未来的潜在损失，等于放弃现在采取纠正或回避措施的机会。同时，如果没有对风险的定价，农村信用社就无法估计出它们交易的相关成本，这样也会招致高风险客户和排斥低风险客户。农村信用社的风险管理就是要体现“实施战略的工具、增强竞争优势和提高经济效益”的职能；通过风险管理将其风险损失降低到最低程度，并切实保证能够实现即期经济效益。
（一）农村信用社风险管理的流程
风险管理流程一般包括：目标设定、风险识别、风险分析、风险应对、风险监控五个环节。目标设定是风险管理流程的起点，确定了农村信用社对风险的容忍和偏好；风险识别需要确定、分析、收集和积累与风险相关的风险要素和风险要素数据，其解决方案包括数据管理方案与信息数据库；风险分析的主要内容是使用风险评估模型确定风险的评估方式，其解决方案包括风险分析工具与信息数据库；风险监控是将风险评估技术运用到业务管理和风险管理中，辅助审批及进行风险决策，其解决方案包括业务管理系统和各种数据查询工具。