系统初始化是指结合企业实际情况，将通用的账务处理系统转化成适合本单位核算要求的账务处理系统。初始化设计是账务处理系统设计中最基础的设计，一般包括以下内容：
1.操作员及权限设置
为保证系统和数据的安全，使用财务软件时必须将本单位财务人员设置为操作员，避免业务无关人员对系统进行操作。系统管理员应在账套中对每一个操作员授予相应的操作权限，分清业务范围，明确职责，保证数据安全。
2.建立账套
企业首次使用会计软件时，必须建立核算账套。建立账套必须进行相应的参数设置，包括账套代码、单位名称、启用日期、科目编码原则、结账日期等。
3.会计科目的设置
会计科目是对会计核算内容的具体分类，是账务处理的基础。会计科目设置的基本内容包括科目代码设计、科目名称、科目类型等。
4.辅助账目录的设计
辅助账目录的设计是将明细科目设置为各辅助核算下的目录，如往来核算，应分别设置单位目录，包括单位编码、名称等信息；个人目录设置就是对单位所有职员进行的列表设置，包括员工编码、名称、所属部门等。
5.结算方式设计
为对每笔业务加以详细了解，应把单位需要使用的各种结算方式（如现金、支票、银行汇票等）按照设定的编码进行整理，以便在凭证制作时进行辅助录入。
6.凭证类别
为了便于记账、查询、汇总，应进行凭证类别设计。常用凭证类别有：①收款凭证、付款凭证、转账凭证；②现金凭证、银行凭证、转账凭证；③现金收款凭证、现金付款凭证、银行收款凭证、银行付款凭证。使用单位凭证根据自身情况进行设计，只能选取其中一种形式。
7.期初余额录入
设置好会计科目后，应将手工账科目期初余额录入计算机。在期初余额录入后注意进行试算平衡，使全部科目的借方余额等于贷方余额，总账的余额等于所属明细账余额。