网站群的安全主要围绕着《信息安全技术 信息系统安全等级保护基本要求》（GB/T 22239—2008）中提出的技术要求，主要包含物理安全、网络安全、主机安全、应用安全、数据安全与备份恢复。
（一）物理安全
物理安全包括物理访问控制、防盗窃和防破坏，防雷击、防火、防水、防潮、温湿度控制和电力供应。网站群的服务器都放置于数据中心机房内，参照等级保护第三级要求。网站群的物理环境要符合等级保护第三级要求，需要安全整改的内容有加强机房硬件的标签管理，采用难以去除的标签对重要设备进行标记；安装红外报警器，结合现有的门禁系统、视频监控系统、24小时不间断保安值班、运维人员和工作人员值班等措施，对数据中心加强安全管理；按照功能划分物理功能区，将数据中心划分为网络区、数据库区、托管区、刀片服务器区和存储区等；使用消防认可的防火铯钾玻璃进行隔离，并安装气体消防灭火设施。
（二）网络安全
根据等级保护基本要求，网络安全需要从结构安全、访问控制、安全审计、便捷性检查、入侵防范、恶意代码防范、网络设备防护7个方面进行建设。网站群在网络层主要面临的安全威胁是漏洞扫描、口令猜解、拒绝服务攻击等。网站群往往由主要网站群和部门托管网站群等类别组成，不同的网站其重要程度和开发、维护要求不尽相同，应该按照部门性质、重要程度对网站群进行安全域划分。在网站群的互联网接入区，按照等级保护要求，应该考虑边界访问控制、边界入侵防范、网络安全审计以及网络防病毒等措施。在对网站群的远程维护中，必须杜绝直接通过远程桌面（RDP）或FTP等不安全的方式进行维护，否则一旦这些方式存在安全漏洞，会对网站群造成严重威胁。