在国家三级师范改革为二级师范、逐步取消中等师范的过程中，原中等特殊教育师范学校也采取适合当地情况的多种方式升格为高等师范院校。北京第一师范学校的特殊教育师范部在2000年独立成为北京联合大学特殊教育学院，集培养特殊教育师资和招收盲、聋等残疾青年的双重功能于一身。南京特殊教育师范学校于2002年经江苏省政府批准升格为应用型高等专科学校。有的学校的特殊教育师范部与师专或其他职业学院合并，培养大专层次的特殊教育大学生，例如1997年福建泉州中等特殊教育师范学校与泉州师专合并，成立了培养特殊教育师资和普通小学师资的专门院系。
北京师范大学早在1984年就以比较教育专业的名义招收过特殊教育方面的硕士研究生。1993年，北京师范大学、辽宁师范大学建立了特殊教育硕士点，开始招收特殊教育专业的硕士研究生。2004年，华东师范大学3位由方俊明教授任导师的我国大陆第一批特殊教育专业博士生通过了答辩。2007年起，北京师范大学开始由王雁教授招收特殊教育专业博士研究生。
此外，特殊教育高等教育自学考试，与康复有关的特殊教育语言训练、听力康复学等相关学科的专业人员培养机构和系统也逐步建立和形成。
随着特殊教育师资培养的发展，特殊教育的科研机构也相应建立。1988年，在原特殊教育研究室的基础上，北京师范大学成立了特殊教育研究中心。该中心由国家教委设立，并由国家教委和北京师范大学双重领导。同年，中央教科所建立了特殊教育研究室，一些大学建立了特殊教育研究所（室）。特殊教育的群众性科研机构（研究会）在全国和各省纷纷建立，积极开展群众性的教育教学科研工作。内部的和公开的特殊教育杂志创办和发行，大量特殊教育文集、专著、译著等得到出版。