1993年，中共中央、国务院印发了《中国教育改革和发展纲要》，明确提出在20世纪90年代实现基本普及九年义务教育、基本扫除青壮年文盲的目标（简称“两基”）。1994年7月以后，国务院、国家教委先后发布了《关于〈中国教育改革和发展纲要〉的实施意见》《关于在九十年代基本普及九年义务教育和基本扫除青壮年文盲的实施意见》等文件，对“两基”的具体要求、目标、步骤、实施方式等作出明确规定。1994年，《普及义务教育评估验收暂行办法》颁布，对义务教育普及程度、师资水平、教育质量、教育经费等方面规定了具体指标，在县级人民政府进行自查的基础上，每年由省级人民政府进行验收，国家教委（教育部）进行抽查。1995年3月，《中华人民共和国教育法》颁布，其中第十八条、第五十七条对义务教育的权利、义务以及经费来源加以明确，我国义务教育法律体系得以形成。
为了帮助贫困地区发展义务教育，国家教委（教育部）、财政部于1995—2000年在西部地区实施了历史上最大规模的“国家贫困地区义务教育工程”（以下简称“工程”），极大地改善了贫困地区义务教育的办学条件。“工程”共投入资金124.62亿元（其中中央财政总投入39亿元，项目省地方财政配套59.52亿元，其他非财政资金26.1亿元），覆盖了22个省（自治区、直辖市）的852个县（旗），受益人口约2.5亿。“工程”共新建项目小学2792所，项目初中854所；改扩建项目小学22625所，项目初中5546所。共新建和改扩建小学校舍1341万平方米，新建和改扩建初中校舍855万平方米。购置小学和初中课桌628万单人套，购置小学和初中图书10188万册，购置的小学和初中教学仪器价值80383万元。培训小学和初中教师45万人次，培训小学和初中校长7万人次。“工程”实施后，取得了良好的投资效益和良好的社会效益，在“工程”的促进下，852个项目县（旗）中，有428个实现了普及九年义务教育目标，有242个普及了初等义务教育。[8]这一项目为贫困地区基础教育的发展奠定了坚实的基础，加快了普及义务教育的发展步伐。