公元前401年，波斯帝国内部发生了对波斯帝国有着严重后果的小居鲁士叛乱。小居鲁士是大流士二世和王后帕莉萨蒂丝的儿子。大流士二世国王和王后有两个儿子，一个是阿塔薛西斯（原名是阿尔沙克）；另一个就是小居鲁士（原名就是居鲁士，但因为波斯帝国的创立者叫居鲁士，所以就把大流士二世的这个小儿子叫作小居鲁士）。据说，小居鲁士大约生于公元前423年。他是在大流士二世当上国王以后出生的（大流士二世是在公元前423年登上王位的）。在他叛乱前，他已经是波斯帝国驻小亚地区的几个行省的总督和驻军的司令，既有行政权又有军权（公元前407年担任吕底亚、大弗吉尼亚和卡帕多细亚的总督兼全部小亚细亚西部的军事司令官），当时他年仅十七八岁。他还得到他的母后的宠爱。他本以为可以依靠母后的宠爱而成为国王，但大流士二世早已任命了大儿子阿塔薛西斯二世为王位继承人，而且也没有改变这个决定的意思。不过，王后可能是希望让小儿子当国王的。
小居鲁士发动的反对阿塔薛西斯二世的战争是在公元前401年。他之所以发动叛乱，主要原因有以下几点：一，波斯帝国的王子们有争夺王权的传统（这从波斯帝国的第二代起就开始了，这就是冈比西斯的兄弟巴尔迪亚之争，冈比西斯担心巴尔迪亚会篡夺自己的王位，因而把他杀了。以后，几乎帝国内每次王位更迭都会发生争夺王位的战争或篡权阴谋）；二，母后帕莉萨蒂丝的宠爱与支持；三，他在拥有几个行省总督的行政权和军权后野心膨胀；四，公元前404年，国王大流士二世生命垂危。在他生命垂危时，他把自己的两个儿子都召到自己面前，当时，大儿子阿克沙尔，即后来当了国王的阿塔薛西斯二世就在国王身边，小居鲁士是从小亚赶去的。国王在不久后（公元前404年的3月）就死了。国王的长子阿尔沙克登上了王位，改名字叫阿塔薛西斯二世，他与梯萨弗尼斯的女儿结了婚。小居鲁士回苏撒参加父王的葬礼并参加新国王的登基典礼。前来参加这些活动的卡里亚的总督蒂萨弗尼斯（也就是新国王的岳父）在参加新国王的加冕礼时向登上了王位的阿塔薛西斯二世告密，说小居鲁士蓄谋造反，想进行叛乱，反对阿塔薛西斯二世。他之所以向新国王告密有一个原因，就是小居鲁士现在统辖的几个省原来是在蒂萨弗尼斯的统辖之下的，即，那些行省是小居鲁士从蒂萨弗尼斯那里抢夺来的，他现在只剩下了一个卡里亚省，他的告密显然有报复的嫌疑。阿塔薛西斯二世相信了这一诬告，于是逮捕了小居鲁士，并准备处死他。但母后帕莉萨蒂丝偏袒小儿子，出面为小居鲁士说情，力保小居鲁士，才使小居鲁士免于一死，并于公元前403年的夏天释放了小居鲁士。而后小居鲁士回到了小亚，并恢复了职务。但小居鲁士愤怒至极。